本文最初发表于10月3日。
GnuBio的该公司信息学副总裁John Healy上周在罗德岛州普罗维登斯举行的NGX会议上说，基于微流体的测序系统将在2012年第二季度广泛推出，读取长度将达到1000个碱基对。
希利还表示，希望之城医院已加入其早期访问客户名单，其中还包括蒙特利尔心脏研究所。在与City of Hope合作的一个试点项目中，该公司正在对包含477对TP53肿瘤抑制基因碱基对的两个外显子进行测序。
Healy说，公司在明年推出该系统时，最初将专注于靶向测序，然后将转向转录组测序和全基因组测序，但拒绝透露这些应用的时间表。
GnuBio计划将其系统定价为5万美元，每个项目的消耗品成本将有所不同。Healy说，例如，用于50个基因靶向测序项目的墨盒，包括所有必要的试剂和分析，将花费客户50至70美元。这样一个项目的周转时间大约是三个小时。
GnuBio的系统是基于哈佛大学联合创始人David Weitz的物理实验室开发的微vwin德赢ac米兰合作流体技术。使用者向系统中注入基因组DNA，装入含有必要试剂的墨盒，然后“点击离开，然后走开”，希利说。
他补充说，该系统是“从头开始”设计的，以满足三个主要标准:“最少的样品准备、低成本和快速周转时间”。
当用户在机器上点击“开始”后，基因组DNA首先被剪切成1千碱基大小的片段。然后一个“picoinjector”——本质上是一个大约人类头发宽度四分之一的移液管——将扩增的DNA注入含有一对PCR引物的微滴中，这些引物代表了要测序的扩增子。
第二次皮注射将富集的DNA转移到测序探针液滴中，用荧光标记的六聚寡核苷酸进行条形码编码，这些六聚寡核苷酸从一个包含所有可能碱基组合(4096)的文库中提取。该公司还设计了一组更长的探针，用于捕获长均聚物延伸段和二核苷酸和三核苷酸重复序列，总共约5000个探针。
该平台有一个光学读数，所有的分析都在机器内完成。测序后，每个扩增子最终都有一个“聚合绑定签名”，用来将其与参考基因进行映射，从而确定其大致位置。然后进行局部重建，以确保每个基地的准确性。
希利说，每次读取都会有一个“阳性探测信号”和四个“阴性探测信号”，因为在正确的序列之外通常会有一个“替代假设”。通过比较负极探针和正极探针，可以识别出正确的序列。
该系统目前的读取长度为612个碱基对，但该公司预计商业版本将达到1000个碱基对的标志。此外，Healy说，公司可以扩大规模，最终实现4000个碱基对的读取长度，通过增加用于构建文库的寡核苷酸数量到16384个，这将通过使用七聚体而不是六聚体来实现。
Healy说，这一步骤将增加库的复杂性，而不会增加检测的复杂性。他说，尽管使用了超过16000个寡核苷酸探针，但并不是所有的探针都需要被读取，因为扩增子可以在不测量整个文库的情况下精确地绘制。
例如，一个扩增子可以运行在四个独立的通道上，有四个独立的寡核苷酸库。希利补充说，每一个都将有自己独特的特征，这些特征可以被下游合并，以重建整个扩增子。
针对临床应用
该系统的测试运行集中在靶向扩增子测序上。到目前为止，该公司已经在其机器上进行了100次试验，重点关注与临床相关的扩增子，包括与心肌病相关的TNNT2基因;肿瘤抑制因子TP53和PTEN;喀斯特致癌基因;pUC19，质粒克隆载体。
错误率平均为0.03%，最低为0.003%，最高为0.6%。希利说，这个系统没有任何系统性的偏见。它可以“轻松测量五到六碱基均聚物”，并且“对GC组成不敏感”。
蒙特利尔心脏研究所已经安装了一个系统，并对临床样本进行了测试，对TNNT2基因扩增子进行了测序。是7/19/2011)。研究小组选择该基因的原因是，在魁北克的一个亚人群中，一种导致更大心肌病风险的变异很常见。
该研究所在7个临床样本上测试了该机器，对两个样本中包含该基因两个外显子的395个碱基对扩增子进行了测序，对另外5个样本中围绕该基因热点的30个碱基对区域进行了测序。
该团队为每个样本生成了超过3000倍的覆盖率，准确率为99.4%，共识准确率为99.96%，并从所有样本中正确调用了100%的变体。总测序时间为7分钟。
Healy表示，该公司正在专门为靶向测序项目设计平台，以最小化周转时间，包括捕获和分析，“我们看到，这将在相当长一段时间内主导临床领域。”
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