纽约(基因组网)——两个独立的研究小组从健康人类的粪便样本中培养并鉴定了数千种细菌菌株，为过去没有测序的数百种生物生成了参考基因组。
首先研究，今天在网上出现自然生物技术vwin德赢ac米兰合作来自深圳华大基因、华南理工大学和其他地方的研究人员从155名健康人捐献的粪便样本中分离出近6500个细菌代表，在实验室中使用1vwin德赢ac米兰合作1种生长介质在厌氧条件下培养肠道细菌。
从那里，研究人员转向16S核糖体RNA测序，以及对近1800个分离物的全基因组测序，为细菌系统发育树中分布的388个物种簇生成1520个高质量的细菌基因组草图，包括134个物种簇中的264个新的参考基因组。最突出的门是厚壁菌门，有796个基因组，尽管它们也产生了数百个拟杆菌门、放线菌门和其他门的基因组。
作者指出，这些菌株现在是中国国家基因库的一部分，“可能对旨在改变微生物群功能的研究有用，比如新型益生菌，或者用于验证与疾病相关的细菌标记。”
在后续实验中，研究小组证明了这种被称为可培养基因组参考(CGR)的新资源显著增加了可以通过粪便宏基因组测序识别的肠道微生物群落成员的数量。它还依赖于CGR对存在的细菌种簇进行功能分析，并报告了横跨30多个肠道微生物种的泛基因组分析的结果。
作者写道:“我们的培养方法可以用于扩大CGR，直到它被可培养的肠道细菌的基因组饱和。”“在此之后，单细胞测序可用于研究不可培养细菌的基因组，总体目标是定义肠道微生物群的饱和参考基因组集，以更好地理解肠道微生物组生物学。”
对于相关的自然生物技术vwin德赢ac米兰合作研究来自英国韦尔科姆桑格研究所、澳大利亚哈德逊医学研究所和其他地方的研究人员建立了“人类胃肠道细菌培养集”(HBC)，这是一套737种新培养和测序的细菌菌株，它们是从英国8名志愿者和12名北美人的粪便样本中的数千种微生物分离物中挑选出来的。
作者写道:“正如本文报道的那样，培养、基因组测序和分离存档将大大改善人类胃肠道的微生物组分析，并可能是其他位点的基础。”作者补充说，“传统微生物学方法可以继续获得进行实验表征和验证所急需的细菌分离物，并提高我们对重要的人类相关微生物群落的理解。”
该团队的HBC涵盖了厚壁菌门、拟杆菌门和其他门的273种细菌和31个科，包括代表105个新物种的173个参考基因组。通过将HBC基因组与另外617个公开的肠道微生物基因组序列结合在一起，该小组继续制作“人类胃肠道细菌基因组集”，简称HGG。
作为他们后续工作的一部分，研究人员使用HGG集(1354个新的和先前测序的细菌基因组的集合，代表530个物种)对近13500个样本中的微生物进行了分类，通过鸟枪宏基因组测序评估，表明与使用人类微生物组项目数据进行的分析相比，它可以促进细菌分类。
欧洲生物信息研究所欧洲分子生物学实验室的研究员、该研究报告的合著者罗伯特·芬恩在一份声明中说:“对于那些试图找出人体微生物组中存在哪种细菌的研究人员来说，来自纯肠道细菌分离物的参考基因组数据库至关重要。”“然后，如果他们想验证一种假设，例如某个特定物种富含某种疾病，他们可以从收集的物种中分离出来，如果这个物种似乎很重要，就可以在实验室进行物理测试。”