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GWAS荟萃分析揭示了19个与年龄相关黄斑变性风险相关的基因座

纽约(GenomeWeb新闻)- AMD基因联盟在一份报告中称,一项对全基因组关联研究的元分析发现了7个与老年性黄斑变性风险增加有关的新位点自然遗传学昨天。这个国际联盟包括来自密歇根大学、德国Universität Regensburg、波士顿大学和其他地方的研究人员。

该小组还确认了12个先前与AMD风险相关的基因座。19个位点中的许多位点被发现与参与免疫补体系统和动脉粥样硬化信号通路的基因有关。

美国国家眼科研究所(National Eye Institute)所长保罗·西维因(Paul Sieving)在一份声明中说:“结合多项研究的数据,这项国际努力提供了对AMD分子基础的深入了解,这将帮助研究人员寻找疾病的原因,并为未来新的诊断和治疗策略的发展提供信息。”NEI部分资助了这项研究。

研究人员首先研究了来自7600多名晚期AMD患者和5万多名对照组的GWAS数据,锁定了32个与疾病风险相关的假定位点。然后,这些变异在另外一组9500多例病例和8200例对照组中进行基因分型。由此,研究人员报告了19个AMD易感性位点,其中7个是新的。他们进一步估计,这些基因座占疾病风险变异性的10%到30%。

他们还根据年龄、血统、疾病表型和性别将样本分成了子集,试图梳理出他们在研究中观察到的异质性的来源。虽然他们没有发现任何额外的风险基因座,但他们注意到基因座的效应大小在亚洲或欧洲血统的人群之间有所不同。研究人员推测,这些差异可能是由于连锁不平衡差异或环境或诊断因素。

此外,研究人员确定了19个风险位点中的一些与AMD相关的多个等位基因相关,在CFH和C2-CFB基因附近以及C3、CETP、LIPC、FRK-COL10A1、IER3-DDR1和RAD51B基因附近发现了信号。研究人员补充说,其中四个新的、独立识别的等位基因的位置非常接近原始信号。该联盟写道:“这表明,每个基因座都可以包含多个易感等位基因,这鼓励了对阐明这些区域中与疾病相关的基因功能的罕见变异的研究。”

研究人员补充说,大约四分之一的变异影响蛋白质序列。例如,rs4698775与一个会破坏CCDC109B基因的变体处于强烈的连锁不平衡状态,CCDC109B基因编码一种包含卷曲结构域的蛋白质,被认为是调节基因表达的蛋白质。

通过对死后人类视网膜的RNA测序,研究小组检测了85个基因的转录,发现CFH和VEGFA这两个基因在年轻人和老年人中表达差异。

然后,通过对位于指数snp的100千碱基内的基因进行通路分析,研究人员确定许多风险位点似乎影响补体和动脉粥样硬化信号系统。

该联盟写道:“识别与疾病相关的新基因和途径,可以追求更大范围的疾病特异性靶点,以开发新的治疗干预措施。”“我们预计,未来针对疾病早期阶段的治疗将使患者保持更长时间的视觉功能,提高AMD患者的生活质量。”

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