纽约 - 北卡罗来纳大学教堂山地领导的队伍已经组装了一系列单细胞序列和染色质辅助性地图，用于在子宫内膜或卵巢中发现的癌症，并开始在妇科的监管，转录和临床特征之间的联系恶性肿瘤。
“该数据集显示了这些肿瘤的复杂细胞异质性，使我们能够使染色质表达的染色质可用性的变异，”北卡罗来纳大学在教堂的高级作者Hector Franco，癌症，遗传学，生物信息学和计算生物学研究员。希尔，他的同事解释说学习出版于分子细胞星期四。
对于分析，研究人员分别在75,523个单细胞和74,621个单细胞上进行脂质液滴的单细胞RNA测序和单细胞ATAC-SEQ，其立即分离出11分离出11个手术切除，以前未经治疗的子宫内膜或卵巢肿瘤。其中一个病例由子宫内膜癌转移标志着卵巢，另一个涉及卵巢中的转移性胃肠肿瘤，而其余情况涉及原发性肿瘤。
“我们表明，恶性细胞获取以前未宣传的监管要素来推动标志性癌症途径，”作者认为“来自同一患者的恶性细胞显示出与转录产量相关的染色质可接受性的大量变化，突出了肿瘤内异质性的重要性。“
通过细胞标记线索和基因表达聚类，研究人员跟踪了10个细胞类型和三十次亚型簇，以及与特异性肿瘤，免疫或正常肌肉/成纤维细胞/基质细胞类型相对应的转录因子活性。同样，细胞类型变化的细胞内的基因表达和增强剂用法。
使用称为增强子元素的总功能得分的计算方法，或TFSee，分析，团队标记了与常规的关联的转录因子，来自五个子宫内膜和六个卵巢肿瘤的恶性细胞中的新和已知的远端调节元素，同时解开其他几种转录因子表达和增强剂关系。
检测到的癌症特异性远端调节元件涉及基因组的非编码部分，该元素涉及在调节癌症相关基因，例如MTOR信号传导途径的其他组分，例如，已靶向卵巢中的组合治疗临床试验癌症。
“我们的TFSee分析是一个强大的工具，促进了Scrna-SEQ和SCATAC-SEQ数据集的整合，以询问基因规则的复杂机制，”作者建议。“这有助于进行[转录因素]的优先考虑进行后续调查，并有助于激发妇科恶性肿瘤中的新型治疗途径。”
研究人员指出，考虑在高级阶段检测到该研究的妇科癌症类型经常被检测到，并且往往是侵略性的。结合有限的靶向治疗方案，这些特征有助于在许多卵巢和子宫内膜癌病例中观察到的差。
“迄今为止，[卵巢癌]和[子宫内膜癌]的护理标准是手术，化疗和辐射的组合，”他们写道。“尽管这些激进治疗方法，大多数患有晚期[卵巢癌]和[子宫内膜癌]的女性将屈服于他们的疾病，突出了发展更好的有针对性疗法的必要性。”
在存在超过600例卵巢癌患者的数据的生存分析中，研究人员发现，MTOR调节基因Rheb的增强表达与较差的结果相关，与过去的基因高表达相关的差的预期一致。它们的结果还表明RHEB基因启动子中的染色质可移能力倾向于恶性细胞增加。
在这项研究中，他们注意到他们的发现依赖于妇科癌症患者的散装肿瘤数据。甚至所以，他们认为“本文所述的这些数据和分析代表了这些癌症的真正基线，作为定义单细胞分辨率下定义恶性细胞调节逻辑的基础。”