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Illumina反击:新NovaSeq X系列测序仪突破吞吐量和成本的边界

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Illumina公司X

Illumina公司推出了一种新的高通量测序仪,名为NovaSeq X系列,基于一种重新设计的合成测序化学方法,现在正式命名为XLeap-SBS。

据Illumina公司产品管理副总裁Joel felis介绍,在最强大的情况下,这种技术串联将能够在大约两天内发出16tb的测序数据,每千兆字节的标价约为2美元。此外,X系列仪器将配备来自该公司Dragen IT平台的机载二次分析。

在首届Illumina基因组学论坛上——一个吸引了来自世界各地的首席执行官、公共卫生部长,甚至前总统巴拉克·奥巴马出席的会议——Illumina的员工在周四表示,新产品将帮助公司重新赢得NGS市场上初创企业竞争对手的一些关注。

在首次公布了NovaSeq Dx(一种受监管的临床高通量测序仪)、Illumina Complete Reads(一种使用短读测序技术创建更长的连续序列的技术,以前被称为“无限”)和新的XLeap-SBS化学物质后,X系列的发布会开始缓慢进行,首席执行官Francis deSouza向观众宣布,Illumina推vwin德赢ac米兰合作出了“有史以来最创新的测序平台”。

从2023年第一季度开始,Illumina将开始销售NovaSeq X Plus,这是一款价值125万美元的测序仪,可以运行两个新的100亿读(约3tb) XLeap-SBS流电池。这可以与S4流电池和NovaSeq 6000相提并论。在2023年晚些时候,Illumina将增加价值98.5万美元的NovaSeq X,它只运行一个流池,以及其他两种流池配置:15亿读取,或500gb输出,250亿读取,或8tb。

在deSouza介绍了X系列之后,Illumina首席技术官Alex Aravanis上台提供了关于新化学物vwin德赢ac米兰合作质的细节。他称这“不仅仅是一个进步”,并指出研究团队“创造了新的核苷酸、新的化学键、新的染料”,甚至“形成和断开化学键的新方法”。

化学也将向后兼容,但只与NextSeq 1000和2000中等吞吐量的台式仪器兼容。2024年初,将为这些仪器提供输出超过500gb的新的P4流池,但他拒绝提供价格。

在所有引起宴会厅人群掌声的特点中,包装重量和浪费减少90%可以说是最受欢迎的。

“这是迄今为止最酷的事情,”参加了会议的威斯康星大学麦迪逊生物技术中心DNA测序设施实验室经理莫莉·泽勒(Molly Zeller)说。vwin德赢ac米兰合作“现在,这确实是我们NovaSeq最大的障碍。我对Illumina的最大抱怨总是关于浪费、包装和运输,以及回收所有东西所经历的斗争。”

“我认为这表明Illumina正在倾听,”她说。

Illumina不仅关注客户,而且似乎从竞争对手那里学到了东西。一位不愿透露姓名的与会者表示,这次演示包括了NovaSeq X系列的动画预告片和专业的舞台技巧,有一种“伦敦召唤”的氛围,指的是牛津纳米孔技术公司的年度用户小组会议。

新的流细胞将具有可单独寻址的通道,这是竞争对手奇异基因组公司(Singular Genomics)在其G4仪器上一直吹嘘的功能。加上容量折扣,每千兆字节的成本可能会低于2美元的标价,这可能被视为对Ultima承诺的每千兆字节1美元的回应。

Illumina几个月来一直在暗示这些产品的发布。在摩根大通医疗保健会议今年1月,德苏扎首次提到了当时被称为“化学X”的项目,并指出该公司已经在建造工厂,为该项目生产试剂。

NovaSeq Dx也在1月份发布消息称,它将获得美国食品和药物管理局(fda)的注册和CE标志。它将有研究用途和在体外诊断运行模式和一个专用的Dragen服务器。

Illumina Complete Long-Reads将在2023年以两种形式登陆,第一种是在第一季度发布的人类全基因组测序套件,第二种是对最难绘制的基因组区域进行富集。deSouza说,Illumina经常获得6到7 kb的序列,最长的序列超过30 kb。

许多客户和股票分析师原本预计,在推出这种化学物质的同时,会发布一份产品公告,预计测序成本会下降。

Illumina的披露基本满足了他们的需求。SVB证券分析师Puneet Souda认为,Illumina "在新包装盒和产品更新方面基本达到并超过多数预期",称其为" Illumina的一次明显积极的发布"。

Cowen分析师丹·布伦南表示,公布前的研究表明,Illumina需要将每个基因组的价格定在233美元左右,才能让客户满意。

Illumina已经有了Broad研究所基因组平台和Regeneron遗传学中心这两个最大的客户,他们对NovaSeq X系列很感兴趣。他们并不是唯一的。

“我认为这很好,因为你几乎可以做任何事情,”泛非洲癌症研究所主任、南非比勒陀利亚大学教授佐德瓦·德拉米尼(Zodwa Dlamini)说。她想为她的组织买一个。

但仪器的价格可能会让一些实验室推迟。她说,泽勒的实验室是否能得到一个将取决于以旧换新交易有多好。“我们仍然要担心贬值,”她说。“每千兆字节的价格不算太差,这是核心设备需要投入的投资。我们需要确保有需要、想要和需求。”

“从临床的角度来看,挑战在于满足吞吐量,”山间精密基因组公司的实验室运营主管肯·埃林(Ken Eyring)说,他通过网络直播看到了演示,并赞同对需求的看法。他说:“显然,已经具备了生成大量数据和测试大量样本的能力。”“你可以降低整个基因组的成本,但对于一个更小的卫生系统来说,要有足够的样本进行测试,以充分利用这种能力,可能需要一些时间才能达到这一点。”

在周四的演示中,新仪器的一些规格和化学成分没有明确说明。Illumina一反常态地不注重准确性,即使它这么做了,传达的信息也不直接。总体来说,Illumina的官员声称它的准确性是前一代的两倍,尽管deSouza声称XLeap-SBS的核心新DNA聚合酶在结合碱基方面的准确性是旧的DNA聚合酶的三倍。

“我们仍在优化我们的质量表,”费里斯在大发布会之前的一次采访中说。“我们可以把它看作是在整个阅读过程中错误率的总体降低。”公告发布后,Illumina发布了一份规格表,声称在2x150 bp模式下,所有碱基的精度超过85%,达到了Q30以上,或99.9%的每碱基精度,这与NovaSeq 6000的声明相同。

在回答有关SNP精度和GC覆盖率的直接问题时,尽管Illumina简短地展示了一个图表,显示了SNP精度等指标的规格,但它只表示X系列“与NovaSeq 6000高度一致”。

除了更精确的DNA聚合酶,费里斯说,Illumina开发了一种新的化学块,以帮助减少序列特异性错误。“它更耐高温和压力,”他说。“我们可以用高输出激光撞击它,以提高信噪比,并显著加快扫描流池。”

发布会结束后,阿拉瓦尼斯指出,在环境温度下运输的化学物质一直是该公司的“长期梦想”。deSouza指出,这方面可以为没有可靠冷链物流的地区解锁排序,提高可达性。

虽然开发XLeap-SBS花费了大约5年的时间和大量的资源,但Aravanis表示,由于Illumina采用了四倍的簇密度和用于标准硅晶圆的新型纳米光刻技术,生产流电池的成本“显著”降低。这使得制造自动化,更大的晶圆尺寸可以提高制造成品率。

机载二次分析和减少浪费能给客户带来什么价值还有待量化。费里斯认为,Dragen的整合将“消除生物信息学的瓶颈”。

他说:“当生成16tb的数据时,将其简化是很重要的。”

费里斯表示,他预计该公司将在“未来几个月”发布客户生成的数据,但早期合作的数量可能会有限。

总体而言,NovaSeq X Plus的公告似乎很可能会满足数量最多的客户,他们不需要花时间去购买。对于其他人来说,在NovaSeq X和NextSeq XLeap-SB套件到达之前,发布时间表可能会让他们非常认真地考虑在其他地方购买。

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