纽约 - 研究人员已经确定了数百个表达定量性状基因座，其在细胞分化期间具有短暂的差异。根据一个新的分析，这些EQTL可能会在表型或疾病上进行后果。
Johns Hopkins University的研究人员和芝加哥大学使用从诱导的多能干细胞获得的RNA测序数据分析了EQTL，因为它们分化为心肌细胞。像他们昨天报道科学，他们发现一些EQTL在差异化早期有更大的影响力，其他EQTL在后面的差异更大的影响力，但其他人的影响也更具变化。
“这些协会就像流星，”芝加哥遗传医学院长Yoav Gilad在一份声明中表示。“它们在一点上出现，在开发期间再也不会，它们对成熟组织的表型和甚至可能是甚至疾病的表现。否则除非您在该特定时间研究那些特定的细胞类型，否则您永远不会看到它们。“
对于分析，研究人员依赖于19个个体产生的诱导多能干细胞系的面板。然后，它们将这些IPSC哄骗将这些IPSC开发成心肌细胞并每24小时收集RNA 16天，包括分化期。他们注意到的最先前的EQTL研究依赖于从单个时间点收集的数据。
总而言之，研究人员测序了297个RNA样品，并且在该数据集中未覆盖两组倾向于簇的细胞。含有更多细胞的第一组是通过肌钙蛋白的更大表达，在发育中，随着肌发育链接基因的增加，随着发育的进展而增加。同时，第二组表达基因与KRAS相关联，未经分化的IPSCS的自我更新，并降低神经元分化。
使用软件工具WASP，研究人员在不同时间点识别其数据集中的CIS-EQTL。他们报道了在每个时间点揭开了至少一个EQTL的中值111基因。
他们进一步揭示了具有重要动态EQTL的550个基因，包括效果早期发育的效果，然后拒绝的那些，其效果随着发展的进展而增加，以及在开发期间发生的效果规模变化的那些。
研究人员报告的这些动态EQTLS被富集的基因源于肌发育中的作用和扩张心肌病的链接。特别是，他们注意到两个EQTLS - RS7633988和RS6599234 - 也是QRS持续时间和QT间隔的基因组关联研究变体。
研究人员将搜索扩展到包括更广泛的监管模式，以找到具有非线性动态EQTL的693个基因，其中一部分在分化中间具有更强的影响。
例如，他们发现RS8107849与ZNF606的表达相关联，并且其效果在第4天至11日内最大。类似地，他们注意到RS28818910和C15ORF39之间的关联。他们说，RS28818910也与体重指数相连，更弱，对红细胞计数。它在差异化的中间阶段也只有监管效应。这提出了研究人员，临时监管效应可能具有表型后果。
“为了充分了解Genetics如何影响疾病风险，我们将最终需要考虑与不同疾病相关的所有不同的细胞类型，发育时间点和环境条件，”联合高级作者Alexis Alexis Battle，这是一个副教授约翰霍普金斯的生物医学工程在一份声明中表示。“这项研究是沿这种方向的一步。”