纽约(基因组网)-形式肺炎克雷伯菌一个对碳青霉烯类抗生素耐药的团队表示，对碳青霉烯类抗生素耐药的细菌通常表现出更广泛的耐药性，以及在医疗保健环境中广泛适应和传播的能力k .肺炎(CRKP)在中国医院传播了一年多。
当他们报道今天在杂志上微生物基因组学来自伦敦大学学院(University College London)、北京大学人民医院(Peking University People Hospital)等机构的研究人员对100株CRKP分离物进行了全基因组测序，这些分离物含有已知的bla-KPC-2耐药基因。这些样本来自受感染的患者，以及携带耐药性细菌的无症状个体。
该团队的序列数据指出了CRKP明显的表型多样性，甚至在同一序列类型的分离株中也是如此。它还提供了一个窗口，了解医院中数十个直接传播事件，其中许多事件似乎发生在医院的两个重症监护室，并揭示了与CFKP耐药水平相吻合的遗传特征——从毒力基因到质粒拷贝数变化、质粒获得、丢失或重组事件。
该研究的第一作者、伦敦大学学院遗传学研究所的研究员露西·范·多普在一份声明中说:“很明显，这些细菌在病人之间传播是多么容易，尤其是在重症监护病房里的病人，但我们也发现它们通过病房设备在不同的医院场所传播，包括病房的床轨和医疗设备。”
研究小组指出，CRKP和其他形式的肠杆菌科对碳青霉烯类药物(如亚胺培南和美罗培南)具有耐药性，已成为越来越重要的健康威胁。自20多年前在美国发现TN3转座上的bla-KPC-2耐药性以来，已蔓延到世界各地。
van Dorp和她的合著者写道:“bla-KPC-2转座在多种肠杆菌物种之间插入和重新定位的能力表明，医院环境中的选择压力为高度传播的[抗菌素耐药性]创造了理想的条件。”
为了进行新的分析，她和她的同事在2016年北京大学人民医院发生致命的CRKP血液感染后，在14个月内收集了100株CRKP分离株。除了对分离株进行Illumina短读全基因组测序外，他们还使用太平洋生物科学公司的RSII长读测序对少数CRKP分离株进行了分析。
作者解释说:“利用WGS提供的丰富信息，我们调查了流通中的bla-KPC-2分离株的完整基因组多样性，表征了耐药性的遗传背景，并通过整合基因组和流行病学数据重建了医院内的传播途径。”
该团队的系统发育分析充实了11种VWIN娱乐网站CRKP序列类型。其中包括:序列为11型(ST11)的一大群CRKP分离株，在患有致命感染的患者入院之前，它们似乎已经在北京医院存在了一年多。
尽管ST11集群中的82株分离物的染色体特征相似，似乎密切相关，研究人员报告说，“我们观察到它们的抗菌素耐药性表型存在广泛的多样性。”
这促使研究小组进一步研究在具有不同耐药水平的CRKP分离株中发现的更广泛的遗传特征，从而导致与耐药相关的质粒拷贝数、质粒获得/丢失以及涉及bla-KPC-2转座的质粒重组事件。
总之，这些和其他发现“突出了全基因组测序在调查耐多药医院感染方面的流行病学价值，”作者写道，“并说明标准的分型方案无法捕捉CRKP分离株异常快速的基因组进化。”