纽约-一个中国研究团队已经证明，他们的分析循环无细胞DNA (cfDNA)突变和DNA甲基化模式的方法可以检测出肝细胞癌(HCC)肝癌病例。
“[W]e开发了突变胶囊Plus (MCP)技术，支持突变和甲基化变化的并行分析(MCP分析)和vwin德赢ac米兰合作新创“通过CpG串联靶标扩增发现甲基化标记，”共同资深和共同通信作者焦宇辰、赵红和瞿春凤，隶属于中国医学科学院和北京协和医学院的研究人员和他们的同事写道。
当他们报道在科学转化医学周三，研究人员最初使用了一种被称为“CpG串联靶扩增”(CTTA)的甲基化检测和分析方法，从30名HCC患者和30名无HCC对照患者的血浆样本中cfDNA生成的预mcp文库中寻找有信息的甲基化标记。
通过将甲基化线索与MCP在60例HCC病例和60例未受影响的对照组样本中发现的DNA突变模式相结合，研究小组建立了基于MCP的HCC检测算法，该算法基于10个信息甲基化标记和少数蛋白质编码或启动子区域的序列，其性能优于基于甲基化或突变的生物标记。
在该训练队列中测试了该模型后，研究人员将其应用于另外58名HCC患者和198名非HCC患者，在这些患者中，该方法似乎有大约90%的敏感性和94%的特异性。
当他们将其应用于前瞻性收集的300多名无症状的乙肝病毒感染患者的样本时，研究人员报告称，他们的平行突变和甲基化谱分析方法可以发现HCC病例，其敏感性为80%，特异性为94%。在HBV队列中，cfDNA策略发现了5例已知HCC病例中的1例。
“[MCP]技术在一个vwin德赢ac米兰合作单一的pre-MCP文库中保存和放大了突变和甲基化变化的信息，支持不同下游应用的多重测试，包括对之前未知的甲基化生物标志物的全基因组筛选，以及对突变和甲基化变化的并行分析。”作者解释道，注意到“多重测试功能并不牺牲灵敏度，因为pre-MCP库的MCP分析与原始cfDNA样本的直接分析是相当的。”
更广泛地说，MCP方法使系统地记录循环肿瘤DNA中出现的DNA甲基化和突变转移成为可能，包括个体碱基变化、长时间插入和删除以及其他更复杂的突变类型。
“这些发现表明，MCP技术具有发现和验证多组学生物标志物的潜力，可用于癌症的无创检vwin德赢ac米兰合作测，”作者报告说，“综合分析方法允许基于cfdna的生物标志物的比较，揭示了用于HCC检测的甲基化和突变生物标志物的互补模式。”
该团队并不是第一个将cfDNA作为检测HCC病例的策略，包括那些在病毒性肝炎或肝硬化的高危人群中发现的HCC病例。在一个癌症的发现例如，约翰霍普金斯大学和其他地方的研究人员在本月早些时候发表了一项研究描述基于DELFI机器学习的基于血浆样本cfDNA片段组模式的HCC风险分类方法。