根据一项新研究，纽约 - 长读测序技术不是捕获全基因组测序和使用长读数的方法的方法，根据新的研究，目前在重要的变体类中具有“盲点”。
“长期读得有相当大的附加值，但它们不是一个灵丹妙药，”广泛研究所和马萨诸塞州综合医院的研究员Michael Tankowski表示，使用基于对准的方法比较结构变体（SV）检测的研究员，主要使用短读取和基于组装的方法，主要使用长读取。
与来自人类基因组结构变异联盟的研究人员合作，他的实验室分析了来自1000个基因组项目的三个匹配三重奏家庭的SV。他们上周发布了他们的学习结果美国人遗传学杂志。
基于组装的方法，平均检测到每种基因组的近25,000 svs - 比最敏感的对准的方法多倍的单倍型分离的SV;然而，基因组背景在检测SVS的能力中发挥了重要作用。该方法在简单的重复和节段性重复区域之外的删除表现出高度一致，但整体一致性低。
该研究发现，每个基因组的平均值为167个大拷贝数变体（CNV），只有依赖于使用测序深度的方法，其中88％没有通过基于组装的方法来检测的。研究人员说，CNVS强烈富集，致病变异，并“[似乎]是长读装配技术的重要盲点。”
长读取提供优势在短时间内，主要用于检测特征在于分段重复和简单重复的区域内的变型。只有90％的SVS被单独检测到的SV，单独定位到那些区域，只占GRCH38人参考基因组的10％以下。该研究说，长期读取的读数优于检测插入。
“您需要一点陈词滥调，您需要长期读取SV，并且纽约基因组中心和Weill Cornell医学的研究员Marcin Imielinski将解决所有SVS，并研究了结构变种的作用在一封电子邮件中说，使用短读技术和长读技术并没有参与研究。“我认为这项研究批判性地接近这个问题，实际上表明，对于某些类别的SV（例如，删除）短暂的读数做得很好，对于其他人来说，他们给出了缺少的精确占地面积。”
Imielinski补充说，这些“已知未知数”实际上是非常重要的数据。他们告诉我们我们必须使用替补技术 - 长读或分子的长度 - 或分析方法“。vwin德赢ac米兰合作
该研究随着漫长读取方法而言，在准确性上追赶，主要来自Illumina，提示一些诊断提供商探讨其在全基因组测序中的使用。自从引入HIFI测序以达到大于99.9％的准确度，Pacific Biosciences与墨水诊断伙伴关系邀请和孩子的怜悯周围wgs。牛津纳米奥波尔技术发布了一种新的基础所有算法，它说提供了准确性98.3％并规划用于受调节应用的仪器，包括临床测序。
长读取测序提供了沿着基因组的更大延伸的能力，包括棘手的内部难以读取的技术，这表明SVS更好地分析了这种方式。但是长读取的测序成本较高，并且其吞吐量低于短读取测序。
Talkowski说：“我们这里的目标是告诉所有人在检测到SVS时，”当使用各种方法检测SV时。由Postdoc Xuefang Zhao引导的分析以先前的人类基因组结构变种联盟从先前研究的插入和删除数据为中心。
作者指出，他们的研究没有考虑一些变体类型，包括逆转，易位和平衡和复杂的SV，因为它们并不均匀地调用了长读全基因组测序组装算法。“这是一种选择，因为数据在项目开始时，Talkowski表示，注意到，最近的研究可能包含该数据，但总体而言，Indels是SV的主要形式。
使用CNVS，另一种临床相关的SV，作为基准，Imielinski表示，“由于大多数SVS创造了拷贝数和基因组连通性的变化。”长读可能无法将复制更改映射到重新排列，从而缺少它们，而短读数可能会通过读取深度的变化检测此类变体。
他说：“通过挑战挑战这些变化的长读方法，这项研究实际上是为任务的长读方法，”他说。CNVS中的盲点“表明分析方法有很长的路要走。”
Talkowski强调技术和方法是单独的考虑因素。“我不会忘记长读技术错过了这些[拷贝数]变体，”他说。
读取基于深度调用的方法在技术上可行，长读，但是没有很好的方法可以利用，但是，“Imielinski表示，”Imielinski表示，“解释这些CNV呼叫的断点应该存在于漫长的某个地方-read数据，但当前映射或装配方法没有找到它们。“这指出了另一个方法论盲点，可以通过更好的长读装配和映射来改进，”他说。他注意到这些断点也可能存在于区域中，因此需要更长的读取或光学映射数据来识别它们。
“我们需要应用新方法并改进[长读]技术，希望我们能够捕获比现在的基因组更大的比例，”Talkowski说。vwin德赢ac米兰合作随着这些技术前往临床使用，变体解释也将发挥重要作用。“长期读取观察到的大多数独特的SV都在区域内，我们没有有很好的方法来解释其变化的影响，”他指出。
“我怀疑长读组件最终将在基因组生物学和疾病协会以及临床解释中，及时临床解释，”Talkowski表示。“但这是早期，我们需要追求许多活动，以便将[长读技术]带到我们的诊断方法之前。”vwin德赢ac米兰合作