纽约——临床蛋白质组学肿瘤分析联盟的成员已经提出了一种难以治疗的肺癌亚型——肺鳞状细胞癌的肿瘤的蛋白质基因组特征的目录，揭示了潜在的治疗靶点和改变，这可能有助于更全面地了解这种疾病。
“肺鳞状细胞癌患者的治疗选择非常有限，即使在了解这种疾病方面取得一定的成功，也可能会改变人们的生活。”共同第一和共同通信作者Shankha Satpathy在一份声明中说，他是布罗德研究所的蛋白质组学小组负责人。我们希望研究界，从基础科学家到执业肿瘤学家，将利用这一新的资源来测试假设，刺激进一步的研究，并为临床试验设计开辟新的数据驱动的途径，从长远来看，可以造福患者。”
当他们报道在细胞周四，Satpathy和他的同事使用全基因组测序、外显子组测序、RNA测序、小RNA测序、液相色谱串联质谱分析、阵列甲基化分析和其他方法来评估108个预处理的原发性LSCC肿瘤样本的基因组、蛋白质组学、转录组学和转录后修饰特征，以及几乎同样多的来自肺附近位置的匹配正常样本。
除了与过去描述的四种LSCC分子亚型相对应的肿瘤簇外，该团队还发现了一种以前未被重视的亚型，它似乎特别容易转移——以激酶途径活性和上皮到间质转化相关分子特征为标志的肿瘤。
除了肿瘤的复发性改变——包括潜在的靶向基因复制、表达转移或染色质修饰相关的转录因子改变——该团队还概述了与其他癌症(如肺腺癌和头颈部鳞状细胞癌)相同或不同的改变。
＂了解哪些蛋白质水平受拷贝数改变的影响，以及突变如何影响蛋白质表达和途径活性，可以对癌症生物学提供更深入的了解蛋白质组学小组组长、隶属于布罗德研究所和马萨诸塞州总医院的肺部和重症监护医学研究人员迈克尔·吉列在一份声明中说。通常，这些见解暗示了尚未探索的治疗方案，或可能从特定治疗中受益的特定亚人群。”
例如，在SOX2转录因子高于正常表达的LSCC肿瘤子集中，研究人员发现依赖于可能更适合治疗靶向的明显改变，包括EZH2或LSD1染色质修饰物。
他们的结果还揭示了其他的分子关系——从肿瘤中涉及NSD3基因的可疑驱动突变，FGFR1拷贝数变化难以靶向，或低表达p63的LSCC肿瘤中存在高生存蛋白水平，到特征性的转录后修饰，这些修饰可能作为一些LSCC患者治疗反应的生物标志物。
同时，利用肿瘤的免疫信号数据，研究小组追踪了免疫学上分为“热”、“温”或“冷”的肿瘤，以及相关的分子和表型特征，这些特征可能预示着对现有或即将到来的免疫治疗的反应。
＂对LSCC肿瘤免疫系统的更深入的了解可能最终导致更有效的免疫疗法和患者分层标记，”贝勒医学院分子和人类遗传学研究员张兵(Bing Zhang)在一份声明中说。