中国测序仪器制造商MGI Tech上周发布了几款新产品,包括便携式测序系统,并推出了一种测序化学试剂今年早些时候宣布的.
该公司在一份声明中表示,DNBSeq E系列是“一站式测序解决方案”。该设备大致呈立方体形状,占用大约1平方英尺的桌面空间。虽然E系列盒子被设计成价格实惠,易于使用的客户进入测序,MGI设想它也将在实验室之外找到用途。
MGI在上周五的14日发布了E系列和配套产品th在中国深圳举行的国际基因组学大会(ICG-14),是由母公司华大基因举办的展示会议。
MGI设计的仪器耗电量更少,因此它可以由电池供电,并在现场使用,无论是用于偏远地区的病原体监测,还是用于执法部门的“现场”取证。
该公司没有透露任何技术规格,如运行时间或吞吐量,但MGI发言人表示,这是一个“高吞吐量”平台。
MGI还发布了DNBelab D系列数字生物实验室,用于基于微流体的自动样品制备,是E系列测序仪的补充,以及DNBelab C系列单细胞产品,包括手持式C4便携式单细胞制备仪和RNA文库制备试剂盒。
MGI首席执行官穆峰在一封电子邮件中表示:“我们现在的投资组合更加全面和多样化。”该公司补充说,新产品“将帮助MGI进一步扩大多样化的测序市场,帮助行业发展,并为快速增长带来更多机会。”
该公司在一份声明中表示,可移植性和自动化是ICG-14公布的产品的新主题。MGI发言人补充说,“小型化”和“模块化”也是代表“未来产品新方向”的主题。
在尺寸上,MGI E系列与Illumina MiniSeq相当,但可能比Illumina的49,500美元更便宜。它所提供的移动性可以让它与牛津纳米孔技术公司的MinIon竞争。
MGI已在中国和亚太地区销售了1000多台测序仪,其中包括其MGISEQ-2000和-200仪器,这两种仪器已分别在中国境外和部分其他国家更名为DNBSeq-G400和-G50。该公司正计划这么做打入欧洲和北美市场但却遭到了圣地亚哥测序巨头Illumina的抵制,该公司已经申请了多项专利美国的诉讼和整个欧洲.MGI和华大基因也有起诉Illumina公司因为专利侵权。
该发言人表示,MGI希望E系列的定价“比目前市场上的价格更实惠”,但拒绝进一步置评。根据MGI的宣传材料,该仪器的一次性墨盒集成了流体和光学系统,使其完全干燥和低维护,尽管MGI没有具体说明这些系统是如何从盒子上移开的。墨盒还减少了试剂的消耗,并允许更快的运行时间。
E和D系列仪器将单独提供,但设计为一起工作。D系列仪器将具有可定制的模块,可以执行液滴操作、磁珠纯化和PCR扩增等功能。
C系列单细胞产品也遵循了便携性的主题。C4设备将是手持式的,不需要电源,通过类似注射器的功能由负压驱动。MGI表示,单细胞分类和条形码可以一次性完成,以1 - 5%的双倍率可靠地捕获1000 - 4000个细胞。
上周,华大基因的刘隆奇和Complete Genomics的I-Jane Chen领导的研究人员发布了一篇文章BioRxiv预印报告C4的性能,并将其与其他单细胞RNA-seq技术进行比较。他们报告说,61%的reads映射到外显子区,多子率为2%至2.5%,并且表示每个细胞有10万个reads的基因的中位数超过6000个,“这优于其他平台”。
德国萨尔大学(Saarland University)临床生物信息学主席、斯坦福大学(Stanford University)客座教授安德烈亚斯·凯勒(Andreas Keller)说:“从我们所看到的来看,其质量与其他基于液滴的(单细胞)系统相当,”包括10x Genomics Chromium。他一直在对阿尔茨海默病和帕金森病患者的单细胞测序研究中对C4进行beta测试。他们已经从40个样本中生成了120,000个单细胞转录组,这些样本在一个非常高通量的MGI测序仪上测序,尽管Keller说单细胞文库可以在其他测序仪上分析。MGI指出,C4与T7、G400和G50测序仪兼容。“价格极具竞争力,”他补充说。
该设备速度快,可扩展。“你每天可以在设备上处理50个或更多的样品。每天可以轻松达到10万个细胞。”
他的实验室也有来自MGI的新CoolMPS测序化学(最初称为CoolNGS)数据的经验,他最近在休斯顿举行的美国人类遗传学学会会议上展示了这一数据。CoolMPS是一种基于抗体的化学物质,可以识别未标记的合并碱基。
“CoolMPS给了我们非常好的结果,”在一项概念验证研究中,研究了来自阿尔茨海默病患者和对照组的样本中的非编码rna, Keller说。
在MGI主办的ASHG会议研讨会上,他展示了MGI圣何塞实验室使用CoolMPS化学生成的数据与他自己实验室使用旧的BGI-Seq平台生成的数据以及RT-qPCR生成的19个mirna的数据的比较。
他发现94%的CoolMPS读取具有Q30质量分数,高于BGI-Seq读取,98%的读取是可用的。此外,他发现技术重复之间的重复性为0.98,与RT-qPCR的相关性为0.85,他称之为“异常高”。他还表示,这种新型化学物质具有“价格竞争力”。
凯勒说,下一步是对使用C4设备生成的文库进行新的化学测序。
同样在ASHG研讨会上,加州大学旧金山分校的研究生格雷西·戈登(Gracie Gordon)展示了使用CoolMPS化学方法对来自NovaSeq 6000和MGI DNBSeq-G400的单细胞配对端RNA-seq数据的比较。MGI为这项研究提供了CoolMPS数据。
她发现,Ilumina阅读的质量分数高于Q30的比例高于MGI阅读。此外,Illumina比MGI调用更多的snp,并且Illumina的首读质量略高于MGI。然而,这些差异对随后的数据分析没有太大影响,她得出结论:“MGI的alpha版本CoolMPS技术可用于多路单细胞基因组学分析,其结果与Illumina NovaSeq测序结果相当。”vwin德赢ac米兰合作
MGI表示,其目标是在2020年上半年发布E和D系列仪器进行早期测试,并将遵循其推出战略,从主要合作伙伴(通常在中国)开始,然后在其他地方发布技术。vwin德赢ac米兰合作
朱莉娅·卡罗(Julia Karow)对本文也有报道贡献。