纽约(基因组网)-来自波斯尼亚和黑塞哥维那、美国和卡塔尔的研究人员在对罕见的鼻癌嗅觉成神经细胞瘤的多组学分析中，追踪了治疗反应或耐药性的潜在蛋白质标记物。
萨拉热窝大学和卡塔尔大学的研究员Semir Vranic和他的同事说:“我们发现了多种对经典化疗和靶向治疗的反应或耐药性的蛋白质生物标志物，这可能有助于优化细胞毒性化疗，并进一步改善[嗅成神经细胞瘤]的个性化治疗。写了在《公共科学图书馆•综合》昨天。
该团队包括来自Caris生命科学的研究人员，他们使用了靶向测序、基因融合分析、阵列表达谱、拷贝数分析和/或免疫组化的组合来评估23例晚期或转移性嗅觉母细胞瘤患者的肿瘤样本。除了反复突变的基因(在超过60%的肿瘤中出现)，他们还发现了几十个在嗅觉成神经细胞瘤中倾向于向上或向下拨出的基因。
研究人员还发现，先前与几种化疗药物的反应或耐药有关的蛋白质水平低于或高于通常水平。此外，分子图谱使我们有可能发现可能需要靶向治疗的改变，包括Wnt信号通路的改变。
作者指出:“考虑到缺乏标准化的治疗指南，靶向治疗方法的潜在优势，以及探索[嗅成神经细胞瘤]分子发病机制的数据缺乏，我们使用[一种]多平台分子分析方法，在复发或转移[嗅成神经细胞瘤]队列中探索潜在的靶向生物标志物/途径。”
为此，Caris生命科学clia认证实验室的合作者回顾性分析了2012年至2017年间从10名男性和13名女性嗅觉神经母细胞瘤患者中收集的23个福尔马林固定石蜡包包样本，这些患者年龄在29岁至84岁之间，患有复发或转移性疾病。
对于10个嗅觉神经母细胞瘤肿瘤，他们对先前与癌症有关的46个基因进行了Sanger或Illumina MiSeq测序。另外5个肿瘤使用更广泛的592个基因测序面板进行了评估。
该团队还使用MiSeq仪器，结合Archer FusionPlex实体肿瘤试剂盒，分析了6个嗅觉成神经细胞瘤的基因融合情况，同时用Illumina阵列评估了4个肿瘤的全基因组表达模式。对于肿瘤的一个子集，研究小组使用荧光技术原位杂交或显色原位杂交来询问基因的拷贝数模式，如EGFR, HER2和cMET。
研究人员在63%的嗅神经母细胞瘤肿瘤中检测到可疑的癌症相关基因突变，如TP53、EGFR或CTNNB1。同时，在全基因组表达阵列评估的肿瘤中，他们描述了嗅神经母细胞瘤中21个过表达基因和19个低表达基因。
当作者求助于免疫组化来评估先前报道的嗅觉成神经细胞瘤肿瘤中25种蛋白质标记物的水平时，发现与顺铂、伊立替康或长春新碱反应相关的蛋白质生物标记物发生了显著变化。另一方面，他们几乎没有检测到PD-1或PD-L1等免疫检查点蛋白的表达，这促使他们认为“免疫检查点抑制剂的治疗效果不太可能”。