纽约——NanoString技术公司已经实现了将下一代测序作为其GeoMx空间分析平台的读数的计划。
上周，该公司推出了新的癌症转录组图谱(CTA)面板，该面板涵盖了免疫肿瘤学研究关键的100个通路中的1800个基因，并可包括多达60个定制基因。NanoString首席执行官Brad Gray周一在与投资者的电话会议上表示，作为首个支持ngs的GeoMx数字空间分析技术，这是“公司历史上最重要的产品发布”第二季度财务业绩．“我们所了解到的是，空间生物学是单细胞(分析)硬币的另一面，”他后来补充道。Gray说，GeoMx以前需要NanoString nCounter仪器，现在几乎可以放在任何Illumina测序仪的上游，这极大地增加了空间生物学的范围。该公司已经看到了GeoMx系统销售的显著效果，第二季度约有一半的订单是由客户提出的，他们打算将NGS作为主要的读数。
Gray还宣布与Illumina公司建立新的合作伙伴关系，共同开发软件，使研究人员能够在Illumina公司的Dragen Bio-IT平台上分析GeoMx数据。Gray表示:“这种合作关系有助于解决客户可能面临的一些重要问题，并让他们放心，我们的技术可以无缝地协同工作。”双方合作的财务和其他细节尚未披露。
一些知名的实验室已经开始使用CTA来生成数据。威尔康奈尔医学院的研究员克里斯·梅森说:“这是一个有趣的功能桥梁，开箱即用就能很好地发挥作用。”他一直在使用小组中的免疫系统相关内容来分析死于COVID-19患者的组织。威尔·康奈尔大学的病理实验室在大流行之前获得了一个GeoMx仪器，梅森的团队添加了几个在CTA中通常没有发现的与疾病相关的基因。“这些数据真的很有希望，”他说，在不同的组织中平均检测到800到1000个基因。他补充说，质量控制实验检测出了1837个探针中的1783个。
公司官员说，其他已经利用ngs技术的公司包括布罗德研究所的Aviv Regev实验室、宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院的细胞疗法研究员Carl June和系统生物学研究所的Jim Heath。
NGS的需求
格雷在接受采访时表示，NanoString早在2016年就开始谈论空间基因组学，客户的兴趣水平一直让公司感到惊讶。
该公司推出了GeoMx平台，可以使用nCounter平台在特定的感兴趣区域进行蛋白质和基因表达分析，小到32微米2019年3月．到了那年11月，纳米弦问世了宣布了NGS读出计划最初是在其技术访问计划中，后来vwin德赢ac米兰合作作为工具包。截至今年6月30日，GeoMx的安装基础为69台仪器。
通过早期访问计划提供CTA使NanoString对ngs兼容检测的需求有了预览。Gray表示，该公司发现NGS项目数量“大幅”增长，已占该计划所有新项目的60%。
以前，现有客户占销售额的70%左右，而现在，新客户和老客户几乎平分了销售额。Gray补充说，他预计使用NanoString的新客户比例将继续增长。他也不认为此举会在短期内蚕食nCounter的销售。在第二季度，只有大约20%的nCounter仪器是通过GeoMx捆绑销售的，但即使未来nCounter的销量下降，“GeoMx的机会大大超过nCounter的机会，在公司的整体背景下，这是可控的，”他补充说，NGS耗材的价格几乎是nCounter耗材的两倍。
排序设置
Mason说，癌症小组很容易适应测序工作流程，并使用标准的Illumina文库制备。由于研究COVID-19样本，对他的团队来说，能够使用福尔马林固定的石蜡包埋样品是绝对必要的。梅森的团队使用Illumina NextSeq平台，这足以满足他们的需求。“你不必在(测序)上疯狂深入，”他说。“你不需要进行NovaSeq测试。”他说，该团队平均对每个基因进行了3000次读取。
虽然每个感兴趣的区域平均有800到1000个基因，但梅森警告说，基因表达和组织类型一样多变:一些区域只产生几百个基因，而另一些区域则产生多达1500个基因。这项研究观察了几十个感兴趣的区域，并产生了与批量测序试验中看到的相似的基因表达谱。梅森说:“我最喜欢的最酷的事情是能够反卷积表达和蛋白质水平，并看到不同组织中存在的细胞类型。”“我可以看到浸润的巨噬细胞进入并破坏COVID-19患者的肺部……我们可以从新的角度来看待发病机制，或者至少有更高的粒度。”
尽管COVID-19引发了人们对GeoMx的兴趣，但NanoString报告称，大流行环境减缓了出货量和安装速度，格雷表示，该公司将继续经历耗材销售的逆风。从好的方面来看，格雷表示，该公司已经成功地坚持了自己的原则原始发布时间表后续的全转录组图谱，将有超过18000年调查并应在年底前通过早期访问计划提供，并于2021年更广泛地推出。
Gray补充说，该公司正在利用dna条形码抗体将GeoMx蛋白测定的读数调整为NGS。
所有这些都增加了人们对GeoMx的巨大期望。考虑到Illumina测序仪和nCounter系统之间的巨大差距，NanoString此前曾吹捧NGS-ready GeoMx的潜在市场增长了20倍。但是格雷认为纳米线实际上低估了发现研究的机会。Gray在接受采访时表示:“投资者对NGS的兴趣远远超出了我们的预期。“这是我们第一次与发现研究人员合作。它确实说明了覆盖大量基因的能力。我们销售渠道的参与度增长速度比我们最初计划的要快。”
格雷告诉投资者，当全转录组检测技术问世时，它将“不仅能吸引我们过去合作过的癌症和免疫学研究人员，还能吸引研究人类或小鼠生物学问题的人员。”这几乎吸引了世界上所有的研究人员。”