纽约(基因组网)-无创产前检测公司NIPD Genetics计划在今年晚些时候将亚染色体改变检测添加到其Veracity NIPT中。该公司最近发表了一项概念验证研究《公共科学图书馆•综合》，证明在人工样本中，其靶向测序方法可以检测到7个亚染色体改变。
这家总部位于塞浦路斯的公司的首席执行官Philippos Patsalis在接受采访时表示，NIPD Genetics已经开发了一种升级版的检测方法，并将在人工和临床样本中进行验证，3月底前将在尼科西亚的CAP认可实验室提供。
帕特萨利斯说，该公司于2015年推出了基于专有的靶向测序和分析方法的Veracity测试，目前已在12个国家推出。他说，自推出以来，公司的销售额增长了300%融资500万欧元(540万美元)。
为了检测亚染色体改变，该公司利用其现有的靶向测序方法。该公司使用所谓的TACS来进行有针对性的捕获序列，这基本上是公司内部开发的针对特定序列的诱饵。TACS的设计目标是具有特定特征的基因组区域:没有已知的拷贝数变异，不在重复元素中或附近，不在具有复杂3D结构的区域。然后，TACS通过已经准备好的Illumina测序文库的溶液杂交来丰富所选的基因组区域。在这项研究中，研究小组设计了755个TACS来分析7种综合征:1p36缺失、22q11.2缺失、Smith-Magenis、Potocki-Lupski、Miller-Dieker、NF1微缺失和Wolf-Hirschhorn。此外，490个TACS被用于针对染色体1和12上的参考区域。
Patsalis说，该小组已经升级了测试，包括更多的TACS，考虑到这些区域人类基因组的复杂性。
为了进行概念验证研究，NIPD遗传学团队研究了模拟受影响妊娠的人工样本——他们将从塞浦路斯神经学和遗传学研究所生物库获得的受影响样本的DNA添加到非孕妇的血浆DNA中。作为对照，研究小组分析了含有正常基因组DNA的样本和来自正常妊娠的无细胞DNA样本。研究人员还将DNA剪切到平均200个碱基对，以模拟碎片化的无细胞DNA。
对于添加的样本，他们通过在三种不同浓度的受影响DNA中添加20%、10%和5%来模拟各种胎儿分数。
总的来说，他们评估了33个正常怀孕的样本，21个人工创造的受影响的样本和17个人工创造的未受影响的样本。由于测序覆盖率低，两个人工生成的受影响样本被排除在分析之外。其余19个受影响的样本，都被称为没有假阴性。此外，所有未受影响的样本都被正确调用，没有假阳性。
香港中文大学李嘉诚健康科学研究所(Li Ka Shing Institute of Health Sciences at Hong Kong)所长罗康瑞(Dennis Lo)开发了由Sequenom商业化的NIPT技术，他在一封电子邮件中说，在得出关于其表现如vwin德赢ac米兰合作何的结论之前，需要在“足够数量的真实病例队列”中进行分析。他说:“携带胎儿遗传信息的DNA由胎盘释放到母体血浆中，与人工样本之间存在许多生物物理差异。”
例如，他说，为了模拟无细胞DNA, NIPD遗传学小组将DNA平均分割为200个碱基。然而，在现实中，胎儿无细胞DNA往往比母体无细胞DNA短，最常见的大小是140个碱基，而母体DNA为166个碱基。此外，Lo的团队最近的工作发现碎片化可能不是随机的．他说，非随机碎片“可能导致血浆中不同(基因组)区域相对浓度的差异”，这在人工样本中没有被捕捉到。
Patsalis指出，NIPD Genetics将在临床样本中验证其测试，并表示临床研究将在3月中旬完成。他补充说，靶向测序方法的一个优势是它能够检测到更小的变化，因为样品可以测序到更高的深度。在《公共科学图书馆•综合》研究表明，该方法检测到小至500千碱基的微缺失。
此外，帕特萨利斯说，该公司正在寻求证明它可以检测其他胎儿异常，如单基因疾病。作为商业测试，Veracity有三种不同的选择。该测试可以被订购为仅筛查21、18和13三体，或者客户可以添加性染色体非整倍体筛查，亚染色体改变面板，或两者兼有。帕特萨利斯拒绝透露每个测试版本的价格，并表示价格因国家而异。
他补充说，该公司还计划扩展到生殖健康的其他领域——包括植入前检测和产后检测——以及肿瘤学。Patsalis说，它对无细胞DNA的研究不仅适用于无创产前检测，而且适用于癌症液体活检。该公司也一直在继续其表观遗传研究他说:“识别和表征可以潜在用于产前检测的甲基化标记。”