纽约 - 通过与世界各地的科学家和社区合作,研究人员可以帮助促进微生物组数据存储库中的代表,以确保所有这些工作的好处。
最近的两个分析突出了微生物组研究中的代表性的差异。一个人发现,与亚洲和非洲的人口相比,来自欧洲或北美个人的微生物组数据在基因组数据存储库中,另一个人表明,夸大陈述会影响研究人员如何解释他们的研究结果。
这两项研究都突出了对代表一系列群体的更多数据的需求。研究人员表示,应该通过与非代表性地区的社区成员和同事合作来完成。与此同时,这种伙伴关系可以指导研究人员对社区可能想要学习的某些微生物组研究问题。
“当我们要去其他地方,我们与我们所做的研究资源没有各种各样的同事和社区,我认为我们与可以帮助我们闪耀镜头的社区成员非常重要斯坦福大学副教授Ami Bhatt的问题和问题表示,“斯坦福大学副教授Ami Bhatt表示。
在最近分析的一个分析中,来自明尼苏达大学的三人研究人员彻底挑选了三个基因组数据库,以查找大部分近一百万个微生物组样本来自欧洲或北美,而其他地区 - 特别是中部和南亚在存储库中代表性。
对于他们的分析,研究人员从序列读取档案,日本DNA数据库和欧洲核苷酸存档的序列读取档案中的2,592项研究中删除了444,829个人微生物组样本的元数据。像他们最近报道了PLOS生物学,他们可以追踪86%的样本的原产地。
其中,40.2%来自美国,即使它只占世界人口的4.3%。总共,欧洲或美国的样本占71.2%的储存库样品,而这些地区占全球人口的14.3%。
与此同时,中部和南亚的国家都经历了代表性。甚至在这些地区大约四分之一的人口生活中,少于2%的微生物组样品。与此同时,撒哈拉以南非洲也经常占据了4.2%的样品,尽管该地区包括世界14%的人口。
与此同时,Bhatt和她的同事发现,通过数据库不包括一系列全球人群,对微生物组的研究可能会错过关键的变化。
她和她的同事检查了肠道微生物体近200名居住在南非城市和农村地区的近200名妇女发现,南非种群的微生物群体在高收入人群和传统人口观察到的那些人之间分别落在分别之间,同时彼此彼此不同报道自然通信。
此外,他们在南非妇女的肠道微生物体内未覆盖的许多微生物不包括在参考收藏中。他们发现,这可能会影响科学家如何解释他们的结果。以前的研究表明,与传统生活方式的人的微生物体中,α或样品内,多样性较高,而β或样品之间,与工业化种群的微生物相比,β或样品之间的多样性较低。但Bhatt和她的同事表示,这种模式可能是由于在参考数据库中所示的工业化地区外部的人群中更常见的微生物。
他们使用两种措施将南非和其他肠道微生物胺样品的β多样性进行了比较,包括参考无症方法。通过基于参考的方法,农村南非人口的微生物血症比瑞典人群更低的β多样性,但在参考无症的方法分析中,逆转是真实的,这表明差异可能反映参考收集的内容。
“推出了错误的结论,即引文 - 否定的非西方人口较小的β多样性较小是实际上无法对一些在第一序列实验中产生的许多序列数据进行分类的后果,”Bhatt说。
明尼苏达州的研究人员在他们的分析中指出,近年来,近年来近年来近年来的微生物组样品数量。但是,需要更多,他们进一步呼吁利益相关者优先考虑和促进微生物组样本的全球性表现,例如通过非洲联盟的人类遗传和健康。
来自欧洲和北美的研究人员可以更多地通过与世界各地的研究人员和社区合作提升这一代表。
Ilana Britro,康奈尔大学助理教授,他领导了斐济岛民的微生物群体中的研究审查了移动基因,说许多人群有兴趣,以了解有关微生物组的更多信息以及基于微生物组的治疗方法,因为它们通常被视为作为无障碍治疗。
“我认为了解这些不同的有机体的兴奋,我们通常不会在这里看到,而是在其他人口中存在,”英国人说。“所以,我认为合作实际上很容易。”
例如,BHATT与其他研究人员合作 - 两种科学合作者和其他研究人员都来自略微不同的领域,但在同一地区工作 - 以及社区顾问,作为她在南非的微生物组研究的一部分。BHATT的研究人员和社区成员的投入说,帮助改进了研究的设计。
此类订婚还可以关注当地担忧和地方福利的研究。“我认为这不仅是道德上正确的方式,而且我实际上认为它还可以做出更好的研究,因为在一天结束时,我认为我们很多人希望我们的研究能够回答基本问题,也可以解决真实的问题“人们有,”Bhatt说。
她补充说,她还返回南非,并与她的合作伙伴以及规划后续研究讨论结果,包括检查肥胖和更年期与微生物组的讨论。
“我认为通过国际合作,有机会冒着它被提取的风险,”康奈尔的英国人补充道。“但如果伙伴关系是以互动的,尊重和非提取的方式完成的,我认为它可以很好地锻炼身体。”
例如,她在康奈尔组织了一个研讨会和研讨会,包括来自国际网站的受训人员,以获得高度补贴的成本。“这是每个人聚集在一起并分享专业知识的机会,”英国人说,“并激励并增长兴趣看着微生物队在卫生主题中的角色,超出了资源丰富的地区经验丰富的主题。”
斯坦福的Bhatt补充说,当她开始在全球健康时,她收到了一件很好的建议是,这是别人的国家就像去他们家一样。“你不走进去告诉他们你认为如何做事或者你认为他们应该如何做事,”她说。“你问,'我怎么能帮忙?”