巴尔的摩-德克萨斯大学MD Anderson癌症中心的研究人员在一大批骨髓增生异常综合征(MDS)患者中证明了光学基因组图谱(OGM)的预测效用，促进了OGM作为血液系统疾病细胞遗传学分析的替代方法。VWIN娱乐网站
在本月早些时候发表的一项研究中白血病MD Anderson团队表明，当与靶向下一代测序配对用于突变分析时，OGM与标准护理细胞遗传学分析结合靶向NGS实现了一致的结构变异谱分析。VWIN娱乐网站此外，OGM还帮助发现了MDS患者中具有预后和治疗价值的其他隐性畸变，但这些畸变被传统的核型分析遗漏了。
MDS是一组阻止骨髓产生足够健康血细胞的相关疾病，是一种非常异质性的疾病，可导致贫血和急性白血病等疾病，MD Anderson的血液病理学家和分子遗传病理学家、本研究的首席研究员Rashmi Kanagal-Shamanna说。
Kanagal-Shamanna说，虽然贫血患者可以在密切的疾病监测下活上几十年，但急性白血病患者可能会经历非常糟糕的结局。
因此，为了推断患者的预后风险并制定适当的治疗方案，临床医生通常依赖于国际预后评分系统(IPSS-R)，这是一种广泛采用的MDS患者风险分层系统，目前主要由患者的染色体异常特征决定。
Kanagal-Shamanna说:“当病人刚来的时候，我们会根据IPSS-R评分来决定病人是否需要治疗，或者我们是否可以只是观察和等待。”他补充说，在目前的治疗标准下，染色体异常是通过传统的中期核型分析技术获得的，在这种技术中，骨髓细胞被培养并在显微镜下观察。
Kanagal-Shamanna说，与传统的细胞生成分析技术相比，OGM有几个优点。首先，她指出使用OGM的诊断时间可以更快。据她说，核型分析的平均周转时间可以是7天，而OGM的平均周转时间是5天。
Kanagal-Shamanna说，即使在进行细胞遗传学研究时，临床医生也经常对结果进行确认性测试，比如荧光检测原位杂交(FISH)检测，可缩短诊断周转时间。她补充说，另一方面，OGM可以整合所有这些检测，在一次检测中提供“更全面”的结果。
此外，Kanagal-Shamanna指出，由于传统的核型分析需要细胞培养，该技术不能有效地分析低细胞MDS病例，骨髓细胞很难生长。相比之下，基于dna的OGM检测可以规避这些限制。
在这项研究中，Kanagal-Shamanna的团队将OGM应用于101例来自MD Anderson的新诊断MDS患者，这些患者接受了标准护理细胞遗传学和靶向NGS分析。
Kanagal-Shamanna说:“我的假设是，光学基因组图谱将能够通过识别核型漏掉的额外较小的畸变，并发现一些隐藏的、可操作的变化，从而更好地预测这些患者。”“这正是我们在研究中所展示的。”
具体来说，结果表明，除了与传统的细胞遗传学分析相对应外，OGM与用于突变分析的靶向NGS相结合，识别出了标准护理染色体带分析技术中隐藏的224个结构变异，并在34%的患者中靶向NGS。这些隐性结构变异改变了21%的参与者的综合细胞遗传学评分系统(CCSS)评分，17%的患者的IPSS-R风险类别。
Kanagal-Shamanna说，这些发现“转化为更好的患者风险分层”，并补充说，改善的疾病预测可以帮助更好地通知临床医生，是否启动疾病改善治疗，包括使用低甲基化药物，或只是观察患者，同时实施缓解措施，如输血。
Kanagal-Shamanna说:“低甲基化剂就是化疗，每一种化疗都有副作用，你不希望不必要的治疗给患者带来过重的负担。”更重要的是，她说一部分MDS患者甚至可能出现低甲基化药物失效。她补充说:“一旦患者无法使用低甲基化药物，就没有治疗了。”“你想要尽可能地推迟治疗。”
Kanagal-Shamanna指出，除了改善风险分层，该研究还表明OGM有助于发现可操作的结构改变，如MECOM重排和双等位基因TP53改变，这可能为患者提供机会，使他们有资格参加特定的靶向治疗临床试验。
“更令人惊讶的是，”她说，该团队发现OGM不仅能检测到基因水平的改变，还能挑出外显子水平的结构改变，比如涉及KMT2A的部分串联复制。
圣路易斯华盛顿大学医学院的分子肿瘤病理学家埃里克·邓卡瓦奇(Eric Duncavage)没有参与这项研究，他说，这项研究“符合细胞遗传学不是一种高分辨率方法学的预期”。“这是一项早于按vwin德赢ac米兰合作键式电话的技术;这是我们每天仍在使用的最古老的实验室方法之一。”
去年，邓卡瓦奇和他的团队发表了一项研究新英格兰医学杂志探索全基因组测序(WGS)作为MDS细胞遗传学分析的替代方法。VWIN娱乐网站与该研究相对应的是，他的研究小组报告称，WGS也能在MDS和急性髓系白血病(AML)患者中提供快速而准确的基因组谱，同时与传统的细胞遗传学分析相比，WGS提供了更高的诊断率和更有效的风险分层。VWIN娱乐网站
Duncavage在评论WGS和基于ogm的方法时表示，每种方法都有优缺点。例如，WGS可以提供基因组的单碱基分辨率，并承诺为临床医生提供“一站式检测”，以获得风险分层所需的所有信息，Duncavage表示，目前该技术的缺点是成本更高。vwin德赢ac米兰合作
他说:“我认为对大多数实验室来说，(OGM)的最大优势是设备更便宜，与全基因组测序相比，检测的运行成本更低。”他补充说，OGM的缺点包括它需要“非常高分子量的DNA”作为输入，需要有针对性的NGS结合在基础水平上分析突变。
Duncavage说，随着测序成本的持续下降，他相信从长远来看，WGS最终将成为MDS分析的一种更划算的技术。vwin德赢ac米兰合作但他表示，在短期内，OGM仍有必要填补这一空白。
除了WGS和OGM，研究人员也在挖掘长读测序技术实现基因障碍患者拷贝数变异(CNVs)的实时检测。
评论这些新兴的以测序为重点的技术，Kanagal -ShamannaOGM的一个主要优势是临床医生可以用最少的生物信息学基础设施快速实施它。她说，对于长读和短读测序，人们往往需要专门的分析管道和生物信息学专家，而有了OGM的分析界面，研究人员即使没有广泛的生物信息学知识，也可以手动可视化异常。
Kanagal-Shamanna表示，该团队已经开始了一项前瞻性研究，以进一步验证OGM在MDS和AML患者中的表现。该集团还计划将OGM纳入一些正在进行的MDS临床试验。
此外，受现有结果的鼓舞，Kanagal-Shamanna说MD Anderson还计划将OGM作为常规癌症诊断的一部分。为了实现这一目标，她说，该机构目前拥有三个Bionano Genomics Saphyr仪器，包括一个用于其clia认证的实验室，该实验室目前正在验证OGM检测血液系统恶性肿瘤，并有可能探索实体肿瘤。“我们希望在未来6个月左右的时间里，它能投入使用，用于常规的病人护理，”卡纳加尔-沙曼纳说。
至于保险覆盖范围，她说，现在OGM已经证明它可以替代传统的细胞遗传学分析，“报销问题得到解决只是时间问题。”VWIN娱乐网站
Duncavage呼应Kanagal-Shamanna的观点，认为OGM和NGS等方法将在未来五年内变得更加普遍，因为它们将被保险公司更广泛地覆盖。
邓卡瓦奇说:“我认为这证明了一个事实，即世界已经准备好从细胞遗传学向前发展。”