巴尔的摩-牛津纳米孔技术展示了早期的进展向纳米孔蛋白质测序在本周的伦敦呼叫用户会议上。
在该公司的旗舰年度活动牛津(Oxford)上对现场和在线观众讲话纳米孔首席技术官克vwin德赢ac米兰合作莱夫·布朗(Clive Brown)表示，该公司“非常活跃”的蛋白质测序研发管道已经实现了“重大的概念证明，我们可以在普通背景中生成一个以上氨基酸的独特的、可复制的图谱。”
但他也强调该公司在蛋白质测序技术方面的发展仍处于早期阶段。vwin德赢ac米兰合作因此，该公司是否或何时能够将其蓝图变成现实，还有待观察。
根据布朗的说法，尽管带电分子可以通过一个纳米孔很容易,蛋白质纳米孔测序是很困难的，因为分子通常是折叠的，可能不带电，而且经常被糖大量修饰。
他说牛津纳米孔正在探索多种不同的方案来实现蛋白质测序，他强调了一种DNA-肽共轭法，在这种方法中，肽可以通过孔转移到双链DNA分子上。
“这样做的好处是，我们可以使用我们用于DNA测序的DNA马达，”Brown说，并补充说，理论上，当DNA-肽结合物通过小孔时，它会产生DNA和肽信号，但他没有透露技术细节。
尽管如此，他承认获得可靠的肽信号“一直是一场斗争”。为了产生信号，牛津纳米孔设计了一种“扁平的、平淡的、小的肽骨架”，嵌入一到两个氨基酸，并让分子通过小孔，类似于早期的DNA信号检测工作纳米孔测序。
与由4个碱基组成的DNA不同，蛋白质由20个氨基酸组合而成，结构复杂。然而，布朗说，这种复杂性的一线希望是，“即使不是很好的序列，对蛋白质来说也可能是非常独特的。”
他说，该公司开始为一种以上氨基酸生成独特的配置文件，在“香草背景”中具有“非常好的类型配置文件”。“与目前的技术水平相比，这已经相当不错了，”他补充说。
但布朗承认牛津纳米孔并不是唯一研究dna -蛋白质结合技术的团队。vwin德赢ac米兰合作事实上，代尔夫特理工大学和伊利诺伊大学香槟分校的研究人员也开发了这种技术vwin德赢ac米兰合作肽- dna连接方法为纳米孔蛋白质测序，这似乎与牛津大学非常相似纳米孔的方法。
代尔夫特大学的研究人员在2021年的一份报告中详细介绍了他们的方法科学纸他们已经为这种方法申请了专利。一位牛津纳米孔该公司发言人拒绝就代尔夫特集团与该公司是否存在知识产权重叠发表评论。
布朗称早期的研究结果是“有希望的”，他说，从长远来看，牛津大学纳米孔希望能够对生物样本中复杂的蛋白质混合物进行鸟枪测序。在描述预期的工作流程时，他说最好不要将蛋白质从混合物中分离出来，与蛋白酶(通常是胰蛋白酶)一起分解，然后转化为dna -肽结合物进行测序。
与目前基于质谱的方法相比，通常需要蛋白质分离和完整胰蛋白酶化，纳米孔测序可能具有处理部分消化蛋白质的优势，允许长肽或重叠肽，他补充说。
布朗说，该公司的最终目标是创造一种技术，使研究人员能够对现有牛津号上的蛋白质进行测序vwin德赢ac米兰合作纳米孔DNA测序平台，不需要任何特殊的硬件。
但就目前而言，布朗对观众说:“这真的是一件艰难的事情。”“我不想过度宣传。”