纽约(基因组网)-来自英国的一个团队证明了使用定制的靶向基因面板测序在自体炎症和血管炎个体中发现致病和可能致病突变的可行性。
来自伦敦大学学院和其他地方的研究人员提出了两种不同的血管炎和炎症板，称为VIP1和VIP2，对72个已知或疑似单基因自体炎症患者的100多个选定基因进行测序。
团队的结果，昨天在网上出现《公共科学图书馆•综合》的研究表明，在50个以前未被诊断的病例中，基因图谱可以对近三分之一的病例进行明确或潜在的分子诊断，同时在22个已知遗传元凶的病例中，以高灵敏度和特异性识别已知突变。
伦敦大学学院大奥蒙德街儿童健康研究所的研究员Ebun Omoyinmi和她的合著者写道:“在32%以前未分类的表现型患者中观察到显著的诊断贡献。”“随着靶向治疗、预测和遗传咨询的改进使用，及时获得的诊断产量水平可以对患者管理产生深远影响。”
研究小组解释说，越来越多的基因突变与单基因自体炎症有关。单基因自体炎症是一组以间歇性或持续的全身炎症为特征的疾病，可导致视力或听力丧失、皮疹、血管炎、肠道问题、不孕和一系列其他问题，这取决于受影响的组织。
因此，作者指出，“对自身炎症性疾病患者来说，基因内基因测序是一种越来越过时、昂贵且往往无效的诊断方法，因为现在已知的引起自身炎症的单基因疾病的数量越来越多，表型重叠越来越多，现在还包括血管炎和免疫缺陷。”
在安捷伦SureDesign工具的帮助下，研究人员建立了一个针对113个可能与自体炎症和血管炎相关的基因的VIP1基因面板，以及另一个专注于166个基因序列的VIP2基因面板。然后，他们使用Illumina MiSeq仪器对从22个已知自身炎症/血管炎患者和50个疑似病例中捕获的基因进行多重测序。
使用22个阳性对照样本，研究小组制定了分析面板测序数据的标准，以检测尽可能多的改变。从那里，该小组试图解释后一组之前未诊断的个体的结果，导致11例中出现一种或多种可能的致病突变，6例中出现明显的致病突变。另有31人携带了意义不明的变异。
“VIP可靠地检测到不同类型的突变，包括罕见和常见的[单核苷酸变异]，插入/删除，剪接连接和上游启动子区域的变异，以及体细胞嵌合体，”作者总结道。