纽约-儿童脑瘤组织联盟和临床蛋白质组学肿瘤分析联盟的成员使用蛋白质基因组学在几种儿童脑癌类型中寻找生物学、生物标志物和治疗线索，发现具有可能的治疗靶点的肿瘤，这些靶点聚集在不同的组织学肿瘤类型中。
弗雷德·哈钦森癌症研究中心的研究员阿曼达·波洛维奇(Amanda Paulovich)在一份声明中说:“目前的研究首次揭示了在儿童脑瘤中蛋白质的力量，可以更好地确定哪个患者可能从给定的治疗中受益，我们使用靶向蛋白质组学的验证研究为临床实施这些发现提供了平台。”
在他们的回顾性分析中，发表在细胞周三，研究人员从费城儿童医院的儿童脑瘤组织联盟收集了超过200个儿童肿瘤的基因组、转录组学、定量蛋白质组学和磷蛋白质组学的见解，这些肿瘤涉及7种脑癌类型或组织学亚型。
西奈山伊坎医学院(Icahn School of Medicine at Mount Sinai)的遗传学和基因组科学研究人员王培(Pei Wang)在一份声明中说:“一般来说，儿童癌症，特别是儿童脑瘤，突变负担相对较低。”他补充说，“对这些肿瘤的功能分子生物学的综合表征，包括这项研究中所做的蛋白质基因组分析，对更好地理解和治疗儿童脑瘤至关重要。”
该团队的数据集包括218个儿童脑肿瘤的全基因组序列、RNA序列、基于质谱的蛋白质组、磷酸肽富集、液相色谱和串联质谱的蛋白质组数据，其中包括93个低级别胶质瘤、20多个高级别胶质瘤、22个成神经管细胞瘤病例、32个室管膜瘤、18个神经节胶质瘤、16个代表颅咽管瘤的肿瘤和12个不典型畸胎瘤横横肌样瘤。
基于他们的分析，研究人员强调了一个儿童颅咽管瘤亚组，其蛋白质组和磷酸化蛋白质组特征类似于BRAF v600e突变的低级别胶质瘤，例如，这表明他们可能受益于该肿瘤类型中使用的MEK抑制剂。
“这一观察结果表明MEK/MAPK抑制剂可能用于儿童[颅咽管瘤]的一个子集，目前没有可靠的化疗方案，”他们报告说，并注意到明显的蛋白质组/磷蛋白质组颅咽管瘤亚组没有获得可用的转录组数据。
同样地，研究小组追踪了蛋白质生物标记物IDH1和IDH2，它们似乎与临床结果相一致，如在组蛋白h3.3编码基因中缺乏预后基因突变的高级别胶质瘤肿瘤儿童中，肿瘤的侵袭性和生存率。这一发现得到了对更多儿童高级别胶质瘤病例的肿瘤样本进行串联质量标记测试的支持。
作者写道:“这个项目代表了在儿童脑肿瘤生物检查方面的一个重大进步，在生物控制的多个层面上，跨越了传统组织学的界限，”尽管他们警告说，“某些组织学的样本量有限，对某些研究构成了重大限制。”