血浆测序似乎为急性淋巴细胞白血病(ALL)患儿提供了一种非侵入性的方法来跟踪疾病的清除或持续，以及潜在的传染性微生物的存在或不存在，新的研究发表在科学的进步周三说。
“我们相信，通过进一步的工作，我们将确定预测治疗成功的突变和微生物动力学，以及给定治疗策略导致的发病率。”资深通讯作者查尔斯·加瓦德在一封电子邮件中说，他是斯坦福大学附属的儿科、肿瘤学和计算生物学研究员，圣裘德儿童研究医院和陈·扎克伯格生物中心．
“有了对患者反应的更深入的了解，临床医生可以监控患者的反应，”Gawad“我们预计，这种方法将补充现有的方法，提供更动态、更精确、更有效的治疗策略。”
通过使用一个定制的循环肿瘤DNA捕获和下一代测序小组，研究人员在六周内收集了20名儿童的168个血浆和骨髓样本，这些儿童正在接受全疗法第十七期临床试验的诱导化疗治疗ALL。连同基于循环肿瘤DNA (ctDNA)的疾病持续或ALL复发检测，他们表明，这种测序方法可以用于提取可能刺激免疫抑制儿童患者感染的微生物。
＂[B]能够同时监测疾病和患者-感染界面为我们监测患者提供了一个新的有利位置加瓦德解释道，并指出:感染并发症是白血病患儿早期死亡和治疗改变的主要原因”。
通过他们的自定义捕获测序小组，研究人员在所有被诊断为all的儿童患者中，除了三例外，至少确认了一种ctDNA变异。大多数变异也在相应的骨髓样本中出现，尽管在血液和骨髓中也检测到明显的变化。
研究小组报告说，诱导治疗结束时，4名患者有微量残留疾病，通过传统的基于流式细胞术的持久性癌细胞测量可检测到，而其他患者似乎没有mrd，但血液中继续携带疾病相关的变异。
与此同时，通过微生物捕获、测序和检测管道，研究人员在细胞和游离DNA中寻找潜在危险的细菌和真菌物种，并将游离DNA与5名健康对照个体和5名急性髓细胞白血病治疗个体中的微生物细胞DNA图谱进行比较。
在其他微生物模式中，研究小组发现，儿童ALL病例血浆样本中的无细胞微生物DNA在治疗过程中出现波动。即便如此，随着时间的推移，许多相同的细菌罪魁祸首往往会出现在同一个人身上，包括未患癌症的对照组中没有发现的优势微生物物种。另一方面，当儿童经历与化疗相关的免疫抑制时，病毒物种似乎更容易发生变化。
作者写道:“我们已经证明了一种定制的混合捕获[下一代测序]面板可以无创性地测量儿童ALL患者死亡的两个主要原因:白血病疾病负担和感染微生物的入侵。”“这一概念证明有助于建立一个技术和概念框架，我们预计该框架将被扩大并应用于不同人群的白血病患者以及其他癌症患者。”
Gawad解释说，研究人员希望对更多患有ALL的儿童患者进行分析，以更全面地描述肿瘤突变谱和微生物动态特征，从而跟踪临床结果，并指出，随着测序成本的进一步下降，用于捕获肿瘤和微生物DNA的面板可能会继续扩大。此外，他和他的合著者指出，引入额外的RNA测序数据来检测有信息的结构变异，以指导某些病例的治疗或管理的可能性。
“分子监测可以帮助加速了解宿主-微生物-白血病相互作用的时间生物学，包括这些变化如何与抗癌治疗疗效相关和改变，”作者报告说。“我们还预计，随着这些方法的标准化和临床应用的验证，将需要更少的侵入性骨髓检查。”