纽约(GenomeWeb) - Regeneron制药公司今天表示,它已经与艾伯维、Alnylam制药公司、阿斯利康、百健和辉瑞公司组成了一个竞争前联盟,对英国生物银行所有50万名参与者的外显子序列进行测序。
Regeneron全资子公司Regeneron遗传学中心(RGC)副总裁兼负责人Aris Baras说:“我们所有参与其中的人都相信遗传学的力量可以促进和指导药物的发现和开发。”
根据协议,艾伯维、阿尼兰姆、阿斯利康、百健和辉瑞将各自为该项目贡献1000万美元。Regeneron将提供数目不详的自有资金,而研资局将负责该计划的测序工作。其他公司目前正在考虑加入该财团。
目标是在2019年底之前对所有50万名生物银行参与者的外显子序列进行测序,并在2020年底之前根据英国生物银行的访问政策向其他研究人员提供所有测序数据。联盟成员将在一段有限的时间内(6到12个月)独家访问这些数据,并计划在同行评审期刊或开源网站上发表他们的研究成果。
新的联盟建立在Regeneron、英国生物银行和葛兰素史克之间的早期合作基础上,去年三月宣布,对所有50万英国生物银行参与者进行测序。当时,Regeneron和GSK承诺为首批5万个外显子体提供资金,他们计划在2017年底前完成,随后是9个月的排他期。最初的预期是对整个生物库进行测序将需要三到五年的时间。
Baras说,这个时间线现在已经大大缩短了,整个序列的测序将在明年年底完成。“这是一个相当重大的升级,”他说,并将确保其他研究人员能够比原计划更早地获得数据。
不过,葛兰素史克并没有参与这项新计划。Baras说:“我们很高兴与葛兰素史克在第一阶段合作,并欢迎他们参与这个联盟,但他们至少目前没有参与这个新项目。”
他补充说,在初始项目下测序的5万个外显子组将在本月晚些时候完成,今年晚些时候其他研究人员将可以获得这些数据。
去年,英国生物银行(UK Biobank)估计,对所有50万名参与者的外显子组进行测序将花费1.5亿美元左右,即每个外显子组约300美元。Baras说,有足够的资金来完成整个项目,并指出外显子组测序的成本在不同的中心之间是不同的,而RGC具有“巨大的效率”,“可以以合理的价格提供非常高的质量”。
研资局目前使用Illumina NovaSeq仪器,以及一些传统HiSeq测序仪,用于外显子组测序管道和去年年底说它正在将其能力提高到每年40万到50万个外显子。
目前,该计划是继续对剩余生物银行参与者的外显子序列进行测序,而不是基因组,尽管其他人可能计划进一步对英国生物银行队列的全基因组进行测序。
所有样本都已经进行了基因分型,并且已经估算了其他变体,因此全基因组数据已经可用。“最大的缺失部分是编码区域的完整序列,”Baras说。“除此之外,至少在我们和许多其他人看来,全基因组测序的增量价值真的不值得花费时间和成本。在未来的某个阶段,这将是有意义的。”
他说,外显子组数据将每年分批发布几次,首先向联盟成员发布,然后向英国生物银行和有权访问这些数据的研究人员发布。
该生物样本库由英国医学研究委员会、威康信托基金会、卫生部、威尔士和苏格兰政府、英国心脏基金会、英国癌症研究中心和英国糖尿病中心资助,为所有参与者提供健康相关数据,包括去识别的医疗记录和成像数据,以及血液和其他生物样本。研究人员希望,这将使他们能够将遗传变异与生物学和疾病联系起来。“我们认为这是一种巨大的资源,”巴拉斯说。