纽约-根据一项新的研究，英国的COVID-19经历的特点是由不同的SARS-CoV-2毒株引发的多次流行和亚流行。该研究依赖于一组不断增长的SARS-CoV-2基因组2019冠状病毒病英国基因组学(COG-UK)联盟．
“这些基因组监测数据为我们提供了一种观察疫情发展的全新方式，这让我们了解了一种新的感染因子是如何传播和演变的，”威康桑格研究所COVID-19基因组学计划主任、联席高级和联合通讯作者杰弗里·巴雷特在一份声明中说。
巴雷特说:“我希望世界各地都能发展类似的基因组监测项目，这样我们就能尽可能做好准备，应对未来的传染病爆发——无论是我们熟悉的病原体还是新的病原体。”
当他们报道在自然周四，来自欧洲分子生物实验室的研究人员欧洲生物信息学研究所威康桑格研究所在2020年9月初至2021年6月底期间，英国315个地方卫生当局收集了近281200株SARS-CoV-2分离株，并利用系统地理分析和其他方法对其基因组序列进行了分析。
该团队解释说，在那段时间内鉴定出的pcr阳性样本中，测序的病毒组占了7%以上，并且跨越了一些样本71种病毒谱系随着时间的推移而流行。通过分析与地理相关的SARS-CoV-2基因组，研究人员能够回溯新毒株在该国不同地区的传入、传播和相互作用。
EMBL-EBI和德国癌症研究中心的研究员Moritz ger刺在一份声明中说:“能够看到并排的谱系，并将其绘制到特定的位置，在理解这一系列流行病是如何展开的方面提供了难以置信的信息。”
作者指出，在更广泛的COVID-19大流行中，COG-UK团队对近60万株SARS-CoV-2分离株进行了测序。
他们解释说:“我们的密集基因组监测分析发现，在每个地方卫生部门，在相同的时间，在相同的限制下，在一个类似的人口中，这些血统一直比其他血统增长得更快。”
例如，随着2020年秋季逐渐进入冬季，研究人员发现所谓的SARS-CoV-2“Alpha”变体的代表性有所上升，它似乎比之前广泛传播的世系更具传染性。尽管在2020年底出台了限制措施，但阿尔法毒株仍在继续传播，来自该毒株的病毒似乎在2021年初在英国另一次更严格的全国“封锁”期间被抑制了。
在阿尔法变种和在封锁之前发现的其他主要系系的位置上，该病毒的其他版本——通常是那些具有改变SARS-CoV-2刺突蛋白突变的病毒——开始缓慢前进。这些病毒也基本上被一种“三角洲型”SARS-CoV-2变种所取代，随着限制措施的放松，这种变种获得了立脚点，并开始占据主导地位，到6月底在该地区发现的SARS-CoV-2分离株中约占98%。
“这些数据显示，在2020年秋季出现了谱系多样性，随后出现了阿尔法和德尔塔变种，”作者报告说，并指出“传播率高得多的变种有最强的正选择，在这项调查的10个月期间席卷了英国。”
该研究小组指出，还需要进行更多的监测和分析，以密切关注适应人类宿主人群免疫力不断提高的病毒的其他版本．
＂多亏了英国和国际上的基因组监测，很明显，我们正在处理的病毒与我们在2020年3月面临的病毒相比已经发生了很大变化，”合著者、英国卫生安全局COVID-19事件主管米拉·昌德在一份声明中说。“我们将继续监测SARS-CoV-2病毒，以确保我们能够使用最有效的疫苗、治疗方法和公共卫生措施来对抗当前和未来的变种”。