纽约——规模生物科学公司(Scale Biosciences)是一家致力于提高单细胞和空间生物学实验规模和吞吐量的商业化技术的初创公司，它已经开始逐渐进入公众视野。这家尚未正式成立的公司计划销售采用单细胞组合索引(sci)技术的试剂盒，该技术由华盛顿大学教授Jay Shendure的实验室开发。vwin德赢ac米兰合作GenomeWeb学会了。
本月早些时候，ScaleBio的三名员工发表了一篇论文自然生物技术vwin德赢ac米兰合作他与俄勒冈健康与科学大学的安德鲁·阿迪领导的研究人员合作，安德鲁·阿迪曾是Shendure实验室的博士后。本文介绍了一种将sci-ATAC-seq(转座酶可达染色质测序法)中获得的每个细胞读数增加200倍的方法。
作者之一是Illumina高级研究小组的前主任、副总裁、CSO和ScaleBio的联合创始人Frank Steemers。他和Shendure并不是公司创始人名单上唯一引人注目的名字，还包括斯坦福大学教授加里·诺兰(Garry Nolan)，他也是Akoya Biosciences的联合创始人;首席执行官肖恩•斯科特(前Qiagen首席商务官);以及与Shendure合作开发组合索引分析的华盛顿大学教授Cole Trapnell。Shendure还是液体活检公司Bellwether Bio的联合创始人，该公司于2019年被Guardant Health收购。
这篇论文，最初是作为BioRxiv这只是该公司面纱下的第一次窥视。该公司还加入了生物科技行业组织加州生命科学协会(CLSA)的公众会员名单，并发布了大约6个招聘广告。
特拉华州保存的记录显示，一家名为Scale Biosciences的公司于2019年12月在该州成立。根据PitchbookScale Biosciences是一家收集私人资本市场信息的公司，该公司已在a轮融资中获得3200万美元，Tao capital Partners参与了融资。陶没有回应记者的置评请求。
根据2021年春季通讯在2020年8月至2021年2月之间的某个时候，ScaleBio成为了里昂证券的黄金会员。的里昂证券的档案地址该公司位于圣地亚哥，特别是强生公司的JLabs创业孵化器园区。JLabs在一封电子邮件中表示，它“无法提供”有关该公司的信息。的自然生物技术vwin德赢ac米兰合作论文列出了ScaleBio团队的工作地点是加州伯克利。
除了论文的合著者，其中包括Illumina公司的前科学家Dmitry Pokholok说根据他们在LinkedIn上的资料，他们至少还有两名员工，一名生物信息学主管和一名市场开发主管。
用它自己的话说，ScaleBio是一家“提供‘细胞洞察’单细胞测序文库制备解决方案的生命科学工具公司，与研究和临床市场上的单细胞系统兼容，并独立于市场上的单细胞系统。生物空间招聘板上的描述该公司指出，其“专利组合索引技术和方法能够在低成本的规模下增加样本索引、细胞吞吐量和细胞多组学分析。”vwin德赢ac米兰合作
在单细胞分析领域，10x基因组公司是目前的市场领导者，尽管该公司正在与Bio-Rad Laboratories、Parse Biosciences、Singleron Biotechnologies等公司竞争。华盛顿大学的拆分公司Parse也使用一种组合索引方案，但条形码附加到转录本上的方式与ScaleBio不同，根据解析．
空间生物学中，a许多公司正在努力开发能够提供任意数量的基因表达数据的技术，包括整个转录组，在不同的空间分辨率水平上，甚至在亚细胞水平上识别转录本。
自2014年以来，Shendure、Trapnell和Adey(经常与Steemers合作)一直在开发组合索引，其基本前提是在不同的步骤中将连续轮的寡核苷酸条形码附加到DNA片段上，足以在统计上保证测序文库中的每个分子都有其来自的细胞或样本，这些细胞或样本由独特的条形码组合编码。虽然在PCR扩增过程中也可以添加条形码，但通常在标记过程中进行一轮条形码。
该集团已经发展“科学”在单细胞领域流行的许多分析的口味，包括样品多路复用，RNA序列，高c染色质构象化验,ATAC-seq以及分析单个细胞的空间方法(sci-Space)或组织活检(sci-Map)。有些分析同时结合两种方法。目前尚不清楚ScaleBio究竟会将哪些产品商业化。Shendure公司和Trapnell公司在截止日期前没有回应置评请求．
所描述的vwin德赢ac米兰合作技术自然生物技术vwin德赢ac米兰合作这篇论文可能是释放这些组合索引分析全部潜力的关键，这些分析都采用了与Tn5转座酶的某种标记。或多或少，所有以前基于标签的分析随机地将正向和反向测序适配器纳入DNA片段。因为文库中一半的分子都有两个相同类型的适配器，“理论上的最大效率已经只有50%了，”Adey说。“这个新的工作流程是绕过这个上限的一种方式。”
这种新方法利用转座酶的一些特点，只使用正向适配器进行标记，然后通过不同的生化过程添加反向适配器，因此每个分子都可以进行测序。
在这篇论文中，OHSU和ScaleBio的研究人员使用这种化学方法来提高sci-ATAC-seq、sci-Hi-C和sci-基因组测序中每个细胞的读取数。Adey说:“但它可以应用于任何使用标签法的检测，即使是批量检测。”
他们的新实验叫做symmetrical链sci -ATAC-seq (s3-ATAC-seq)，研究人员将他们的检测方法与单核ATAC-seq(加州大学圣地亚哥分校研究员Bing Ren开发的方法)生成的数据进行了比较，并与10x基因组公司的单细胞ATAC-seq检测进行了比较。Adey说:“我们得到的覆盖率至少是任何公开发布过的数据集的六倍。”
理论上，人们可以期望通过修复适配器问题得到双重改善，但由于Tn5酶与DNA结合如此紧密，抑制PCR扩增，原始的分析不是完全有效的。Adey说:“这种适配器转换步骤也使PCR反应变得超级高效，与之前的检测相比，实际的产量甚至更高。”
对于单细胞DNA测序，Adey说他的团队可以通过新的适配器切换策略使每个细胞的读取量增加10倍，并通过其他优化提高200倍。除了“科学”方法的吞吐量要高得多之外，这种覆盖水平与将一个单元分选到一口井的流量相当。例如，在概念验证的科学序列研究中，研究人员描绘了超过15000个单细胞。阿迪补充说，理论上，这种化学物质也可以应用于液滴中。“我们还没有探索这一点，因为基于平板的方法非常便宜，”他说。
每个单元读取量的提高对实验设计有重要的影响。Adey说:“首先，你可以从更少的细胞中获得更高的细胞类型分辨率。”“我们正在将这种技术应用于肿瘤活检等样本，在这些样本中，我们几乎无法从任何单细胞分析中获得任何细胞，我们需要从每个细胞中获得尽可能多的细胞。
对于单细胞ATAC-seq，具体来说，这种方法提供了对许多更容易访问的站点的访问。Adey说:“在一个典型的分析中，你只需要分析10%的可访问位点。”“如果你真的想同时观察那个细胞中什么是活跃的，有很多信息缺失……我们实际上可以开始问关于单个细胞中调控元素相互作用的问题。”
Adey说，这种化学方法并不是他的实验室设计的基于标签分析的唯一改进。他补充说:“我们还有一些其他的方法，可以更好地用于其他的检测，但我不能详细说明。”
这些方法很可能会应用到ScaleBio正在寻求开发的检测试剂盒中。的自然生物技术vwin德赢ac米兰合作报告披露，阿迪和斯提默斯E作者在一项专利中描述的技术。Adey表示，ScaleBio已经从OHSU获得了这些专利的授权请注意，他在该公司没有股权，除了研究合作之外，他不会参与该公司。
该公司正在招聘员工来开发套件，以及管理beta和early access项目。招聘广告上说它的技术vwin德赢ac米兰合作将与现有的基于液滴和平板的单细胞技术一起工作，它还将进入炙手可热的空间分析市场。
Shendure、Trapnell和Steemers已被列为美国和世界专利申请的共同发明人，包括一项名为“高通量单细胞库和制造和使用方法”的专利申请，该专利申请已将华盛顿大学和Illumina列为受让方。目前尚不清楚ScaleBio是否与Illumina有关系。Illumina和该校的技术转让部门UW comtion没有回应置评请求。vwin德赢ac米兰合作