纽约(基因组网)——俄亥俄州立大学的一个研究小组描述了子宫内膜癌基因组的甲基化模式，缩小了甲基化特征的范围，该特征似乎区分了所谓的“高”和“低”甲基化表型。
研究人员使用了76个原发性子宫内膜样癌样本和12个正常子宫内膜样本的现有甲基化数据，使用名为MethylCap-seq的甲基化片段捕获测序策略进行分析。当他们报道昨天在网上《公共科学图书馆•综合》，然后他们将得到的甲基化模式与基于阵列的甲基化配置文件和为癌症基因组图谱工作生成的其他基因组信息进行了比较。
俄亥俄州立大学妇产科研究员、资深作者Paul Goodfellow和他的合著者写道:“这项研究的目的是开发子宫内膜癌甲基化的特征，将肿瘤与正常子宫内膜区分开来，并有可能将肿瘤分类为具有离散水平的DNA甲基化。”
使用MethylCap-seq分析，Goodfellow和他的同事们能够发现具有甲基化表型的肿瘤，这种甲基化表型类似于过去在结直肠癌和其他癌症类型中描述的CpG岛甲基化表型(CIMP)。他们还缩小了涉及子宫内膜癌基因组13个区域的甲基化特征，这些区域与增强的突变率、错配DNA修复问题以及TCGA样本中较低的拷贝数变化相一致。
作者写道，这一特征“将肿瘤与正常对照和相邻正常组织区分开来”，并指出它“可能有助于检测和分类子宫内膜样子宫内膜癌”。
一般来说，该团队的分析表明，子宫内膜癌的启动子CpG岛甲基化大约是正常子宫内膜组织样本的两倍。尽管甲基化水平在近三分之一的肿瘤CpG岛位点高度可变，但结果表明，在CpG岛甲基化高的肿瘤组中，有近2300个重叠的CpG岛位点甲基化特别增强。
与此同时，通过关注CpG岛甲基化程度较高或较低的肿瘤组之间甲基化差异最显著的基因组部分，研究人员确定了16个高度甲基化的CpG岛——通过Illumina的Infinium HumanMethylation 450珠片阵列进行后续甲基化测试，他们将这组标记缩小到13个区域。
研究小组报告说，在11个子宫内膜肿瘤中，甲基化特征正确地识别了6个具有高CpG岛甲基化的肿瘤中的5个。5个低CpG岛甲基化的肿瘤分别聚在一起。
“我们的分析表明，广泛的启动子甲基化在子宫内膜样子宫内膜癌中比以前认为的更普遍，”作者总结道，“启动子甲基化可能是区分肿瘤和正常组织的有用标记。”