纽约——本周公布的新数据为常规使用全基因组测序来诊断疑似患有遗传病的急性新生儿提供了支持。
来自美国五家儿童医院的调查人员与Illumina合作，发表了他们的结果星期一在JAMA儿科．这项被称为NICUSeq随机时间延迟试验的研究表明，临床全基因组测序在提供诊断方面明显优于标准护理实践，并导致这些婴儿的临床管理的更多变化。
作者认为，研究结果支持在这一医疗实践领域广泛采用和实施临床WGS。此外，由于该研究招募了一个相对多样化的队列，它有助于说明如何将WGS纳入诊断患病婴儿的护理标准，从而实现“诊断公平”，从而减少医疗差距，作者写道。
Illumina科学研究副总裁、通讯作者瑞安·塔夫特在一份声明中说:“这让我们向为每个需要诊断的孩子提供精确诊断迈出了重要的一步。”
在一封电子邮件中，他指出，与WGS在试验中进行比较的“常规护理”诊断测试在患者和机构之间存在很大差异。
总的来说，大多数患者都得到了某种诊断，无论是通过试验的WGS还是通过其他当地实践，但这些诊断的分布并不均匀。
“我们需要做的第一件事是让诊断更公平，是了解为特定人群部署哪些工具，在这项研究中，我们表明，对于在ICU中怀疑有遗传疾病的婴儿，这是WGS。接下来，我们需要与政策制定者和保险公司合作，减少或消除报销障碍。第三，我们需要专业的协会和指导方针制定实体来支持WGS。第四，我们需要继续推动具有成本效益的测序和分析。这些都不容易，但都是可以处理的。”
这项研究加入了其他一些利用全外显子组或全基因组测序对急性疾病婴儿群体进行全面基因组检测的研究。特别是WGS一直倡导斯蒂芬·金斯默尔拉迪儿童基因组医学研究所的总裁兼首席执行官。
根据新《美国医学会杂志》儿科研究表明，此前有相当数量的婴儿经分子诊断接受改变治疗这与改进的结果以及家长和临床医生理解基因测试在急性护理环境中具有很高的实用价值。
然而，WGS在ICU的广泛实施一直受到阻碍，“由于缺乏对照研究，使用匹配的比较组、真实的纳入标准和不同的人群来调查其对管理变化的影响，”该小组写道。
他们的新研究随机抽取了354名被医生怀疑患有遗传疾病的婴儿，让他们在15天内或在60天后接受临床WGS。除此之外，临床医生继续他们通常的护理策略，包括使用各种类型的分子基因检测，这使得研究小组能够在真实的临床人群中评估WGS的效果。
根据作者的说法，与延迟测序组相比，15天WGS组接受分子诊断和管理改变的患者是延迟测序组的两倍。
对于那些延迟60天返回WGS结果的患者，在管理和精确诊断方面进行改变的患者数量进一步增加了一倍。
作者写道，大多数发生的管理变化并没有导致具体的干预措施，专业转诊是最常见的。然而，8%的确诊患者采取了直接解决其“病因分子改变”的干预措施。
此外，研究人员对队列进行了长达90天的随访，发现改变治疗方法的患者比例继续上升，即使是那些在第15天被诊断为WGS的患者。他们写道，这表明“基因研究结果可能为长期的临床决策提供基础。”
Le Bonheur儿童医院和田纳西大学健康科学中心的遗传学部门主任切斯特·布朗在一份声明中说:“拥有这种类型的遗传信息可以提供直接和可持续的终身价值，提供了一张基因‘成绩单’，可以用来帮助指导一生的医疗保健。”
虽然Kingsmore和其他人之前的观察表明，新生儿快速饮水量会带来结果和健康经济效益，但该研究表明《美国医学会杂志》研究没有观察到住院时间或死亡率的差异。根据作者的说法，这可能是因为WGS的主要效果是改善护理，而不是提高生存率，或者因为需要更大规模的研究，缩短WGS测试的周转时间来衡量结果效果。
该团队强调了一些导致管理变革的诊断，并取得了“显著的临床效果”。例如，一名29天大的男婴被随机分到15天大WGS组，WGS诊断他患有Wiskott-Aldrich综合征，随后他接受了矫正性骨髓移植。
在其他病例中，由于诊断结果而停止了不适当的干预措施，包括一名11天的癫痫女婴，她在诊断出KCNQ2变异后停止了吡哆醇的无效给药。
总的来说，作者认为，即使在目前的研究中没有数据表明结果在统计上有所改善，对患病婴儿进行诊断和改善他们的护理之间的联系是明确的。因此，该研究的结果为“采用[临床]WGS作为一级诊断测试提供了很大的权重，”费城儿童医院的儿科教授Ian Krantz在一份声明中说。
塔夫特在电子邮件中补充说:“我们绝对可以在这个人群中了解到更多信息，评估‘基因组成绩单’在儿童一生中的影响的长期纵向研究将是必不可少的。”“然而，NICUSeq的结果表明，我们不应等待进一步的研究完成后才认真考虑广泛实施。”