纽约(基因组网)——来自美国和荷兰的一个团队已经证明，他们可以更精确地观察细胞亚型，发现新的转录本异构体，并通过一种荧光激活细胞不分类的方法来分离细胞类型和测序单个细胞中的RNA异构体，支持基因组注释。
对于一个纸发表在自然生物技术vwin德赢ac米兰合作今天，研究人员将这种基于微流体扩增的方法——称为“单细胞亚型RNA-Seq”，或ScISOr-Seq——应用于小鼠大脑小脑区的数千个细胞，包括神经元、星形胶质细胞、小胶质细胞和浦肯野细胞或颗粒细胞亚型。在这个过程中，他们能够找到数以万计的新的或已知的转录本亚型的细胞类型特异性表达模式。
通讯作者Hagen Tilgner是威尔康奈尔医学院大脑与心智研究所和神经遗传学中心的研究人员，他和他的同事们写道:“scissors -seq使单细胞中的长读、全长度RNA-seq能够以非常低的识别错误率聚集成细胞类型。”
从出生后第一天从小鼠身上解剖的小脑样本开始，研究人员从大量组织样本中分离出的细胞进入10X基因组铬控制系统，然后放大与RNA相吻合的互补DNA，并使用它为后续的Illumina、太平洋生物系统和牛津纳米孔MinIon测序实验准备文库。
“短读3’测序提供了每个基因和细胞的分子计数，这使得使用细胞类型特异性标记的细胞聚集和细胞类型分配成为可能，”作者解释道。他们还使用PacBio循环一致序列和其他PacBio或Oxford Nanopore读取来分析全长RNA异构体。
例如，基于每个细胞超过1400个基因的近3900个分子标识符和信息，该团队为6627个受剪刀- seq作用的小鼠小脑细胞确定了17个细胞类型和亚型集群。PacBio或MinIon的长读取使得发现在一个或多个这些细胞簇中表达的RNA转录异构体成为可能。
研究人员继续在其他细胞中复制这些发现，并将他们的剪刀- seq结果与由稀疏的同种型测序．使用16872个新的和18173个已知的转录本亚型的细胞类型特异性表达谱，同时，他们还证明了他们可以改进Gencode小鼠基因组的第10版本。
基于这些和其他结果，作者认为剪刀- seq策略应该被证明在其他情况下对细胞类型特异性亚型剪接的分析是有用的，包括对神经疾病相关遗传风险变异个体的人脑样本的分析。
作者总结道:“未来，我们设想对于大脑疾病的遗传风险因素，例如，阿尔茨海默病相关基因，如MAPT、BIN1和APOE，通过使用剪刀- seq分析细胞类型特异性亚型表达，可以解释与疾病相关的单核苷酸多态性的影响。”