周四，在圣地亚哥举行的美国人类遗传学学会年度会议上，Singlera Genomics公布了他们正在开发的用于早期癌症检测的循环肿瘤DNA检测的数据。
该公司成立于2014年，在加州拉霍亚和中国上海设有办事处，专注于分析甲基化，之前已被证明是组织特异性的，因此有望用于早期癌症检测，因为它可以用来追踪肿瘤DNA的起源位置。
Singlera使用了一种识别甲基化单倍型的方法，这种方法是由该公司的联合创始人、加州大学圣地亚哥分校的生物工程教授张坤开发的去年讲过在自然遗传学．
在一次演讲中，Singlera生物信息学副主任Athurva Gore描述了与中国复旦大学台州健康科学研究所合作的数据。复旦大学的研究人员在2008年至2018年期间进行了一项纵向健康研究，收集了10万多名年龄在30至80岁之间的成年人的血液样本。在10年的研究中，他们跟踪了患者的健康状况，发现575名患者在研究的四年内被诊断出患有癌症。
Singlera与复旦大学合作，分析了159个来自癌症患者的诊断前样本，以及358个诊断后样本和676个来自研究期间任何时候没有癌症诊断的健康参与者的样本。
该公司使用了PanSeer分析方法，该方法使用甲基化单倍型方法分析了600个基因组区域的12,000个甲基化位点。戈尔解释说，这种方法不是观察一个地区的平均甲基化，而是观察癌症样本中发生的甲基化的特定模式。
为了开发生物信息学，Singlera使用了大约三分之一的样本进行训练。然后对剩下的样本进行检测，以检测5种类型的癌症:结直肠癌、食管癌、胃癌、肝癌和肺癌。
从诊断后的样本中，研究人员准确地诊断了所有16个结直肠癌样本，41个食管癌样本中的38个，所有20个肝癌样本，57个胃癌样本中的42个，46个肺癌样本中的45个，总体灵敏度为89.4%。
此外，在最终罹患癌症但尚未确诊的个体样本中，Singlera能够在临床诊断前4年预测癌症。在42例病例中，有26例在临床诊断前3至4年检测出癌症。在47个病例中，有35个在诊断前2到3年检测出了癌症，在39个病例中有30个在诊断前1到2年检测出了疾病。在31例病例中，PanSeer在常规诊断前一年就发现了22例癌症特征。
然而，该检测方法的假阳性率相对较高，为7%，准确地将498个健康样本中的461个诊断为非癌症。
戈尔说，虽然这种假阳性率对于一般人群筛查测试来说太高了，但该公司正在研究改进技术。
戈尔说，一份描述PanSeer研究的出版物和另一份描述专门针对结直肠癌的单独分析的出版物正在同行评审期刊上发表。
此外，他还表示，公司计划进行一项前瞻性研究，以确定PanSeer是否能改善患者的预后，并具有成本效益。
该公司还在开发一种使用相同甲基化单倍型技术的结直肠癌检测方法。vwin德赢ac米兰合作Singlera的业务发展副总监Dale Yuzuki表示，该公司计划寻求美国食品和药物管理局的批准，并希望很快与该机构讨论未来临床试验的要求。
在对1200多名个体的回顾性分析中，包括癌前腺瘤、I期和II期至IV期癌症患者，该方法检测腺瘤的敏感性为91%，对I-IV期的敏感性为94%至97%。特异性为99%。
虽然该公司专注于通过FDA的结肠直肠测试，但Yuzuki表示，它还没有决定其泛癌症测试的具体商业化战略——是也会寻求FDA的批准，还是首先将其作为实验室开发的测试推出。
Yuzuki说，他预计结直肠测试将与Exact Sciences公司基于粪便的基因筛查测试Cologuard的市场类似，Cologuard已获得FDA批准，被用作一种非侵入性筛查，其阳性结果反映到结肠镜检查。他指出，从商业角度来看，这是一个有吸引力的市场，因为已经建立了报销制度。
其他公司也盯上了早期癌症检测市场。比如CellMax Life，开始临床试验今年早些时候，该公司在美国进行了循环肿瘤细胞结直肠癌筛查试验，目标是将其提交给FDA批准。
CellMax已经在亚洲提供这种检测，并表示，在获得FDA批准之前，它将在美国以200美元左右的自费模式提供实验室开发的检测。
Freenome也希望进入早期结直肠癌检测市场提出了数据本月早些时候，该公司在一组主要为早期结直肠癌患者的队列中，展示了82%的总体敏感性和85%的特异性。
Grail正在进行1.5万人试验包括那些最初被诊断为癌症和治疗前的患者，以及那些没有癌症的患者，以便建立一套无细胞DNA谱的参考集，在此基础上进行早期检测测试。此外，Grail计划今年在香港推出鼻咽癌早期检测测试。
许多其他公司也提供所谓的液体活检分析，对ctDNA进行测序，以对无法进行活检的肿瘤进行基因组分析，或监测进展或治疗反应。然而，Singlera的重点是早期检测领域。
Yuzuki说，Singlera与该市场上其他公司的一个不同之处在于该公司的甲基化单倍型技术，与其他方法相比，该技术使其能够用更少的DNA检测基于甲基化的癌症特征。vwin德赢ac米兰合作Yuzuki说，用于检测甲基化的亚硫酸氢盐转化过程会导致大部分DNA丢失或损坏，血浆样本一开始就有少量的无细胞DNA。
他拒绝透露该方法的具体细节，因为该方法正在申请专利，但加州大学圣地亚哥分校的研究人员此前将其描述为与连锁不平衡的概念类似，连锁不平衡描述了染色体上相邻变体的共分离。