纽约——北卡罗来纳州的一家初创公司希望通过一种新的全基因组扩增技术，将基因组研究提升到单细胞水平。vwin德赢ac米兰合作
斯坦福大学医学院教授、位于北卡罗来纳州达勒姆的BioSkryb公司联合创始人查尔斯·高瓦德说:“我大概有五年没做过批量RNA测序了。”“数据的丰富性要深刻得多。我们可以对DNA做同样的事情。”
BioSkryb正在推出一系列基于初级模板定向扩增(PTA)化学的样品制备试剂盒。该公司独家授权了这项正在申请的专利圣裘德儿童研究医院的IP在那里，Gawad开发了它来研究癌症的遗传异质性。Gawad说，这种名为SkrybAmp的PTA专利产品可提供高达99%的基因组覆盖率和高达90%的变体调用率(30倍覆盖率)。作为比较，a2017年的研究瑞典生命科学实验室的研究人员对单细胞外显子组测序中使用的全基因组扩增(WGA)方法进行了研究，发现Ampli1技术，一种基于mda的方法，导致约10%的变体被称为;vwin德赢ac米兰合作而另一种非mda方法——多重退火和环基扩增(MALBAC)则导致16%的变体被调用。
Gawad补充说，SkrybAmp的化学性质是灵活的，可以进行拷贝数和结构变异检测。“我们可以富集和捕获我们想要的基因组的任何部分，”他说。
BioSkryb首席执行官兼联合创始人Jay West表示，BioSkryb计划通过其SkrybAmp单细胞试剂盒，首先瞄准实验室运行MDA进行单细胞DNA分析的利基市场，该试剂盒将在荧光激活细胞分选后运行96个细胞。
最终，该公司希望吸引新人进入这一领域。“我们真的对实现新发现很感兴趣，”Gawad说。顾名思意，小组使用的是你已经知道很重要的目标。我们希望人们发现未知的新突变和改变。”除了发现，BioSkryb还计划将单细胞DNA测序作为临床实践的一部分。
Gawad得到了他的从单细胞DNA测序开始2012年，他加入了单细胞测序先驱斯蒂芬·奎克的斯坦福实验室。“DNA的挑战在于你得到的数据的质量，”用MDA的方法，Gawad说。“这不足以回答我们想要解决的生物学问题。”
MDA被所谓的“头奖效应”所困扰，他解释道。“当你启动的时候，那部分就会起飞，你就会覆盖很多东西。”他的想法是用核苷酸减慢反应速度，这些核苷酸被设计成终止200个碱基到几千个碱基之间的产物，这样最初没有启动的区域就可以赶上来。
Gawad于2015年在圣裘德大学开设了自己的实验室，并使用PTA来解决癌症异质性的问题。但他认为，WGA技术在其他几个细胞间基因组差异很vwin德赢ac米兰合作重要的领域可能会很强大，包括CRISPR脱靶分析、非侵入性植入前遗传学诊断、罕见疾病诊断，甚至微生物组研究。2018年1月申请专利后，他在当年晚些时候开始与Fluidigm前研发高级总监韦斯特进行交谈。他们于2018年8月共同创立了BioSkryb，并与私募股权公司Anzu Partners合作种子轮融资1150万美元这个月早些时候宣布。
BioSkryb在达勒姆有10名员工，另外还有10到15名承包商。安祖为其投资组合中的公司提供一些服务，包括财务和人力资源。Anzu的David Michael表示，他的公司这样做是为了“更容易扩大规模”。而且效果很好。”
韦斯特说，BioSkryb已经对PTA进行了“额外的改进”，“还有更多的专利正在申请中”，但他拒绝讨论这些问题。Gawad补充说，他认为SkrybAmp可以获得更多不同的呼叫，因为它使用直接连接，条形码可以被整合到产品中以提高吞吐量。
SkrybAmp单细胞试剂盒将是该公司的第一个产品，用于标准文库制备之前的测序工作流程。“我们相信我们的文库输出与一系列测序技术兼容，”West说，但该试剂盒配置为与Illumina的平台一起使用。该公司还将推出配件，以提高套件的性能，如磁性板技术，以帮助净化和珠清理套件。vwin德赢ac米兰合作
SkrybAmp公司表示，只需30分钟的操作时间和一台热循环仪作为唯一必要的设备，SkrybAmp就可以与MDA或MALBAC在单细胞DNA测序领域展开竞争。“这是我们最容易触及的市场，”Gawad说。
BioSkryb已经开始向大约15位关键意见领袖传播SkrybAmp。该公司表示，参与者签署了保密协议，没有人能够讨论他们使用单细胞试剂盒的经历。韦斯特说:“一旦我们得到数据，我们就会开始一个很快就会开始的早期访问计划，”提供24个细胞版本的工具包。“肯定在接下来的一两个月之内。”
单细胞DNA分析市场很小，只有少数几家公司提供试剂盒或平台。商业化的基于mda的WGA方法包括Qiagen公司的Repli-g, Silicon Biosystems公司的Ampli1 WGA，以及Rubicon基因组公司的PicoPlex DNA-seq和Picoseq单细胞CNV解决方案基于其铬系统。Mission Bio提供基于液滴的高通量单细胞DNA分析通过它的Tapestri平台
但韦斯特表示，BioSkryb与Mission Bio有“根本不同”。“他们正在进行有针对性的小组讨论。我们分析整个基因组。”
“就我们创造单细胞外显子体的能力而言，我们真的没有太多竞争对手。我们将在这个市场空间获得不公平的优势，”他说。
如果该团队对SkrybAmp的愿景成为现实，这个市场空间有朝一日可能包括临床应用。
“癌症比人们意识到的要复杂得多，”Gawad说。“现在我们有了详细描述这种复杂性的工具。我们的长期愿景是这些发现在临床上有用。”