纽约(基因组网)——康涅狄格大学和加利福尼亚大学戴维斯领导的研究小组已经对糖松的基因组和转录组进行了测序。
在两项研究中遗传学而且G3:基因，基因组，遗传学，研究人员报告了人类310亿碱基对的基因组松果体lambertiana道格拉斯和大约12个组织的转录组。有了这些数据，研究人员探索了糖松中含有病原体抗性基因的区域，以及谱系特异性的dicer样蛋白质，这些蛋白质可能会让人们深入了解其超大的基因组。
“最近有一份草案p . lambertiana基因组序列，加上转录组学，为研究针叶树生物学的基本问题提供了机会，因为它与基因组进化和基因表达有关，”康涅狄格大学的吉尔·韦格津和她的同事在《科学》杂志上写道G3:基因，基因组，遗传学纸。
加州大学戴维斯分校的研究人员首次宣布去年他们对加州糖松进行了测序。它是世界上最高的树之一，高达76米，寿命可能超过500年。然而，近几十年来，它遭受了由真菌引起的白松锈病的破坏柱锈菌属ribicola．
在他们的遗传学纸加州大学戴维斯分校的查尔斯·兰利(Charles Langley)和他的同事们按照顺序写下了这篇文章p . lambertiana,他们调整方法他们用来对火炬松的基因组进行测序。特别地，他们使用来自单个糖松大配子体的单倍体DNA作为组装的基础，然后使用来自二倍体针状组织的配对库进行填充。由此，他们产生了大约1.9万亿基对，反映了62倍的覆盖范围p . lambertiana据他们估计，该电池的尺寸为31千兆对。
然而，糖松的大部分基因组是重复的。转座因子占基因总数的79%p . lambertiana基因组，略高于在火炬松中发现的74%，研究人员报告。在这些转座子中，三分之二是长末端重复逆转录转座子。研究人员估计了LTR插入时间的中位数p . lambertiana一千六百万年前，比火炬球的年代还晚。
研究人员说，如此高的重复次数和它们的年龄使人们相信，糖松的基因组和其他针叶树的基因组一样，是通过转座因子扩张达到巨大状态的。
而糖松一般都遭受了c . ribicola损害，一些树木对真菌有抵抗力。之前的工作已经绘制了一个双等位基因位点Cr1R/ Cr1r兰利和他的同事们利用他们新生成的基因组序列发现了与Cr1相关的snpR．他们发现支架上标注了14个与Cr1基因相关的基因R其中一个基因PILA_lg017786作为候选基因脱颖而出，因为它含有通常在抗病基因中发现的结构域。
研究人员指出，能够使用SNP基因分型来发现抗性树木将加速重新造林的努力。
与此同时,在G3:基因，基因组，遗传学Wegrzyn和她的同事报告说，他们从代表树胚胎状态的组织、接近授粉的雌性球果、茎和根等组织中对RNA进行了深度测序，以生成糖松转录组。
研究人员使用Illumina MiSeq, HiSeq和Pacific Biosciences的组合测序来收集转录组。总的来说，他们发现了278,812份转录本，其中30,839份可以进行功能注释。
由于它们在转座因子增殖中的作用，以及这可能如何影响针叶树基因组的巨大尺寸，Wegrzyn和她的同事将部分分析集中在dicer样(DCL)蛋白上。
在p . lambertiana在转录组中，研究人员发现了12个与DCLs相似的转录本，其中6个由基因模型支持。通过对针叶树、单子叶树、双子叶VWIN娱乐网站树和一个外群进行系统发育分析，研究人员确定了糖松与其他树木共享的dcl，以及仅与其他针叶树共享的dcl。
在糖松中，研究人员分析的所有样本中都发现了传统的DCL1转录本和一个DCL4转录本，而其他DCL4转录本则在球果中发现，DCL3表达仅限于生殖组织。他们补充说，针叶树特有的DCL1转录本的特征各不相同:一种几乎不表达，一种普遍表达，一种在生殖组织中有不同的特征。
研究人员在他们的论文中说:“来自测序数据的表达分析进一步支持了这些变异的生物学作用。”“这里提出的结果强调了针叶树这一途径的特点，并确定了与古代陆地植物的相似性。”