纽约(GenomeWeb)——癌症基因组图谱的泛癌症计划的一系列新发现将于今天发表在该杂志在线发表的十几篇论文中细胞的报道．
为其中一项研究来自美国国立卫生研究院、丹娜-法伯癌症研究所、加州大学旧金山分校和其他中心的研究小组报告了一项泛癌症地图集研究的结果，该研究调查了突变、表达、拷贝数、DNA甲基化、microRNA和其他在身体五个部位(头颈部、肺、食道、膀胱和子宫颈)鳞状细胞癌(SCC)肿瘤中的发现。
在这些肿瘤中，通常与吸烟史或人乳头瘤病毒感染史相吻合，研究人员将范围缩小到一系列复发性改变，这些改变指导细胞向鳞状细胞干性、上皮细胞向间质转变、炎症和其他可能最终为scc的分类和治疗提供信息的细胞程序。
在另一个TCGA中纸泛肾项目的成员基于843个肿瘤样本对肾细胞癌(RCC)进行了分子分析，强调了在一般RCC和透明细胞RCC、1型乳头状RCC、2型乳头状RCC和憎色性RCC等亚型中发现的特定基因突变、途径改变和代谢特征。
该研究的作者指出，至少在RCC样本中发现的一些改变似乎与一般的生存相对应，而其他预后提示是RCC亚型特异性的。例如，在恐色性RCC肿瘤中，研究人员发现，在以不寻常的代谢谱为标志的病例中，生存率降低。
泛肾研究小组的研究人员写道:“我们的分析揭示了越来越多的离散特征，这可能会导致更精确的肾细胞癌分类，从而有助于肾细胞癌精准治疗的进步。”“我们还确定了所选RCC的统一特征，支持跨疾病亚型治疗方法的概念。”
来自梅奥诊所医学院、马萨诸塞州Tesaro制药公司、华盛顿大学和其他中心的研究人员聚焦于276个在DNA损伤修复或相关途径中有记录作用的基因，研究了TP53和BRCA1/BRCA2等基因的遗传改变，这些基因与33种癌症类型的9125个肿瘤的DNA损伤修复缺陷有关。
这项研究为这些DNA损伤修复问题所颠覆的生物过程提供了线索。该团队还结合临床结果信息，寻找DNA损伤修复模式，这些模式似乎预示着更好或更坏的结果。例如，在几种癌症类型中，同源依赖重组(HRD)途径的改变与较差的结果有关，尽管情况并非总是如此。
尽管在8种癌症类型中，HRD增强与较短的无进展生存期相一致，但作者指出，“在[多形性胶质母细胞瘤]和[卵巢癌]中，较高的HRD评分与较好的临床结果相关。”
华盛顿大学麦克唐奈基因组研究所领导的团队专注于它的分析对33种TCGA癌症类型的潜在驱动融合进行了研究，使用RNA序列数据、不一致读对数据、基因表达和其他特征对9600多个肿瘤样本进行了分析，分析发现了数万种癌症中的基因融合。
“我们的研究表明，融合促进了16.5%的癌症病例的发展，”该研究的作者报告说，“在1%以上的病例中，融合是唯一的驱动因素。”
除了乳腺癌、肺癌、前列腺癌和膀胱癌的复发性突变外，研究人员还在甲状腺癌中发现了过量的激酶融合，以及包括ALK或RET等基因的潜在药物融合。
来自美国、法国和西班牙的研究人员专注于引入的跨癌症突变剪接站点更改使用一种被称为MiSplice的生物信息学工具，在8656个肿瘤中识别出近2000个以前被遗漏的剪接位点突变。在一项相关研究中，来自马萨诸塞州制药公司H3生物医学的研究人员使用外显子组序列和RNA序列数据将范围缩小到119剪接因子基因受TCGA评估的癌症类型非沉默突变的影响。
ISB和石溪医学院领导的团队得以梳理出来肿瘤浸润淋巴细胞图而另一个团队则从TCGA癌症类型和亚型中考虑了更广泛的肿瘤免疫环境。
美国和台湾的调查人员进行了侧写长非编码RNA调控美国、加拿大和中国的研究人员进行了统计代谢功能以及数千种TCGA肿瘤的亚型。
还有一些研究深入研究了泛癌症组的改变，这些改变在特定的途径中产生了影响——从表达、拷贝数和与增强相关的突变模式RAS通路激活基因突变的中介作用蛋白质泛素化动力学。