旧金山(GenomeWeb)——华盛顿大学的分支机构Split Biosciences正在商业化一项单细胞RNA测序技术，该技术旨在今年夏天通过一个早期访问项目启动。vwin德赢ac米兰合作
该技术依vwin德赢ac米兰合作赖于固定和固定单细胞，而不是物理分离它们，以进行单细胞RNA测序。这家初创公司目前有四名全职员工，去年筹集了约120万美元的种子资金。
华盛顿大学的研究人员第一次描述了这项技术vwin德赢ac米兰合作去年发表在科学也参加了今年在佛罗里达州马尔科岛举行的基因组生物学和技术进展会议。vwin德赢ac米兰合作
后,科学斯普利特生物的联合创始人和CSO格奥格·西利格说，研究人员从华盛顿研究基金会获得了15万美元的资助，用于优化技术和开发工具包，然后他们与西雅图儿童医院、弗雷德·哈钦森癌症研究所和其他研究人员进行了测试。vwin德赢ac米兰合作在那之后，这个团队通过大学为这种方法申请了专利，并成立了Split Bio。
这种方法被称为SPLiT-seq，用于基于分裂池连接的转录组测序，依赖于使用单个细胞本身作为隔室。细胞是甲醛固定的，这基本上冻结了它们的活性，所以基因表达谱与从组织中提取细胞时是一样的，Seelig解释说，RNA分子留在细胞内。固定还使研究人员能够在分析之前存储样本。Split Bio首席执行官兼联合创始人亚历克斯·罗森伯格说，固定细胞后，通过添加一种清洁剂使细胞膜具有渗透性，这种清洁剂本质上是在细胞膜上“戳洞”，这样试剂就可以直接添加到细胞中。这些步骤是标准和常见的实验室流程。
然后将细胞分散到96孔板中，在板中加入条形码逆转录酶引物，在细胞内部生成cDNA。然后，这些细胞被聚集并重新分布，并在每个细胞内的cDNA分子中添加具有良好特异性的条形码。这个过程是重复的，在第三轮条形码中，一个唯一的分子标识符也被加入。在第四轮也是最后一轮的条形码编码中，细胞也被分为具有测序条形码的子库。
该公司首席技术官、联合创始人查理·罗科(Charlie Roco)说，这种方法的一个优点是不需要单独的工具。vwin德赢ac米兰合作“所以，任何实验室都可以使用它，”他说。
Split Bio的条形码策略也类似组合索引同样在华盛顿大学的Jay Shendure团队所描述的用于单细胞测序的方法。
Seelig说，这两种方法是华盛顿大学独立开发的，虽然“概念上相似”，因为它们都使用组合条形码，但许多细节，如条形码和细胞处理的具体机制是不同的。
在科学在研究中，研究人员试图确定该方法的性能，通过分析人类和小鼠细胞的混合物，确保它真正从单细胞产生结果。当他们分析1758个独特的条形码细胞时，研究人员发现99.9%可以被分配到一个单一物种。Seelig指出，当扩展到处理大约10万个细胞时，二重率将约为1%。
自发表以来，该团队一直在不断优化该协议。例如，他说，它“减少了所需步骤的数量，优化了反应缓冲液，以提高灵敏度和最小化操作时间。”
此外，研究人员还在内部将该方法与其他经过验证的单细胞协议，如Smart-seq、Drop-seq和10x Genomics的单细胞方法进行了比较，发现结果具有可比性。重要的是，Seelig说，似乎很少有基于方法的偏差，结果是根据细胞类型聚集的，而不是使用的协议。
该团队还与艾伦细胞科学研究所(Allen Institute for Cell Science)合作，使用这种方法研究诱导多能干细胞向心肌细胞的分化。为了这次合作，该团队在90天内收集了大约48个样本，对它们进行了固定和冷冻，然后在最后进行了实验。Seelig说，该团队计划在未来公布其外部合作和内部研究的结果。
他说，未来，该公司计划开发其他应用，包括将T细胞的单细胞RNA-seq与其受体结合，应用于微生物组测序，以及与福尔马林固定石蜡包埋样本兼容的版本。此外，该公司还计划研究整合空间信息的技术。